文件名称：BiocSwirl_RNAseq：包含BiocSwirl课程，涵盖对大量RNAseq数据集的分析
文件大小：63.58MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-09 07:35:52
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BiocSwirl RNAseq课程 包含BiocSwirl课程，内容涉及批量RNAseq数据集的分析 生物旋流 BiocSwirl是一系列深度漩涡生成的课程，用于通过R / Bioconductor使用交互式且易于消化的格式来教授生物信息学工作流程。 该项目获得了温哥华生物信息学Hackathon Hackseq2019的人民选择奖。 有关更多信息，请访问
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BiocSwirl_RNAseq-main
----fastq_trimming()
--------draw_1.R(102B)
--------draw_2.R(103B)
--------customTests.R(556B)
--------draw_3.R(103B)
--------SRR11412215_fastqc.html(269KB)
--------base-sequence-content.png(27KB)
--------dependson.txt(3B)
--------seq-len-distr.png(17KB)
--------lesson.yaml(7KB)
--------initLesson.R(2KB)
--------per-base-quality.png(9KB)
----README.md(649B)
----Session-contents.md(2KB)
----Gene_Count_Pre-Processing()
--------transformed_count.R(627B)
--------GSE147507_RawReadCounts_Human_subset.tsv(944KB)
--------customTests.R(556B)
--------dependson.txt(57B)
--------lesson.yaml(5KB)
--------initLesson.R(921B)
----rna_seq.swc(31.79MB)
----fastq_download()
--------customTests.R(556B)
--------SRR11412217.chr20.fq.gz(2.76MB)
--------SRR11412227.chr20.fq.gz(2.88MB)
--------lesson.yaml(5KB)
--------SRR11412228.chr20.fq.gz(2.81MB)
--------initLesson.R(227B)
--------SRR11412215.chr20.fq.gz(3.14MB)
--------SRR11412229.chr20.fq.gz(2.51MB)
--------SRR11412216.chr20.fq.gz(3.04MB)
----MANIFEST(186B)
----Read_alignment_quantification()
--------SRR11412215_Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai(1.33MB)
--------SRR11412215_Aligned.sortedByCoord.out.bam(4.46MB)
--------customTests.R(556B)
--------dependson.txt(13B)
--------lesson.yaml(5KB)
--------initLesson.R(1KB)
--------SRR11412215()
----save_and_export()
--------customTests.R(556B)
--------dependson.txt(0B)
--------lesson.yaml(997B)
--------initLesson.R(227B)
----Examine_DESEq2_results()
--------volcano1.R(45B)
--------customTests.R(554B)
--------plotMA.R(32B)
--------dependson.txt(29B)
--------volcano3.R(122B)
--------volcano5.R(274B)
--------res_dds.RData(5.16MB)
--------lesson.yaml(10KB)
--------counts_IL6.R(29B)
--------topGenes.RData(2KB)
--------volcano6.R(317B)
--------hist.R(34B)
--------pheatmap1.R(46B)
--------volcano2.R(108B)
--------initLesson.R(1KB)
--------res.RData(767KB)
--------volcano4.R(140B)
--------anno_data.RData(260B)
--------res_sig.RData(32KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------IL6_data.RData(2KB)
----PCA()
--------customTests.R(556B)
--------dds.RData(315KB)
--------dependson.txt(43B)
--------pca.R(1KB)
--------lesson.yaml(5KB)
--------pheatmap.R(148B)
--------initLesson.R(704B)
--------rlog_dds.RData(1.6MB)
----Pathway_Analysis()
--------customTests.R(556B)
--------lesson.yaml(2KB)
--------initLesson.R(482B)
----Introduction()
--------customTests.R(556B)
--------dependson.txt(0B)
--------lesson.yaml(6KB)
--------initLesson.R(227B)
----DESeq2()
--------customTests.R(556B)
--------dependson.txt(14B)
--------lesson.yaml(6KB)
--------initLesson.R(641B)
----Installing_packages()
--------customTests.R(555B)
--------dependson.txt(0B)
--------lesson.yaml(4KB)
--------initLesson.R(227B)