文件名称：scKidneyTumors:代码“来自人肾脏的单细胞转录组揭示了肾肿瘤的细胞特性”
文件大小：59KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 01:24:25
R
scKidneyTumors 该存储库包含必要执行分析对各种R脚本作为补充材料和正文中描述。 该代码的主要目的是为感兴趣的和有见识的读者提供有关本文中使用的方法的最详细信息的附加文档。 原则上可以将这些代码位与输入数据一起使用，以精确地重现论文中找到的结果。 但是，要匹配代码期望的文件结构和确切的元数据格式，这将需要大量工作。 尽管如此，分析中有几个部分是完全独立的，可以很容易地将它们用于其他数据并进行修改（例如，相似性分析）。 尽管鼓励这样做，但我们强调，此代码的主要目的是记录本文中的方法，因此不应将其视为受支持的软件。 文件说明 分析的起点是使用Chromium 10X生成并使用定位的单细胞RNA-seq数据。 这些数据使用进行了预处理，量化和聚类。 然后对该处理后的数据进行基因分型和聚类相似性分析，并将结果保存到中间文件中。 最后，运行“ makeFigures.R”中的代码以
【文件预览】：
scKidneyTumors-master
----makeFigures.R(136KB)
----pipelineScript.R(3KB)
----processSingleCellData.R(44KB)
----postPipeline.R(9KB)
----similarity.R(2KB)
----genotyping.R(17KB)
----README.md(2KB)