文件名称：scrna_seurat_pipeline:单细胞转录组学数据的全面分析
文件大小：18.17MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-01 17:54:04
R
scRNA管线 1.概述 该管道是使用Seurat 3进行scRNA分析的标准管道。它使我们能够自动运行分析。 仅需很小的设置，该脚本即可为您完成所有工作。 以下是对该文件的简要介绍： Makefile显示如何运行脚本和生成可视化文件。 主要管道脚本是data_factory.R 。 请在运行前设置conf / config.R。 config.R文件设置包括“计数矩阵”路径，阶段映射设置和计划运行的功能以及一些初始设置。 您也可以根据需要指定自己的config.R文件。 packages_install.R是一个简单的脚本，可让您安装所需的所有软件包。 即在目录中的文件是使用由data_factory.R产生的数据可视化。 其中一些是从模板文件生成的 同时， code_generator.py可以根据config.R生成一些R markdown文件和index.md 。 |
【文件预览】：
scrna_seurat_pipeline-master
----find_data_list.sh(122B)
----conf()
--------config_existed_clusters.R(6KB)
--------config_remove_recluster.R(2KB)
--------config_merged_clusters.R(2KB)
--------config.R(6KB)
--------single_sample_config.R(1KB)
--------config_removed_clusters.R(2KB)
----docs()
--------Seurat_scRNA_pipeline.pdf(1.08MB)
----packages_install.R(4KB)
----data()
--------C_Csnk()
--------A_MxCre()
--------B_MxCre()
--------D_Csnk()
----NEWS.md(3KB)
----static()
--------phase.ini(2KB)
----run_example.sh(1KB)
----.gitignore(70B)
----Makefile(540B)
----README.md(14KB)
----viz()
--------3_DE_GO-analysis.Rmd(3KB)
--------1_quality_report.Rmd(3KB)
--------2_clustering_harmony.Rmd(5KB)
--------2_batch_clustering_elements.R(2KB)
--------3_KEGG.Rmd(2KB)
--------3_progeny.Rmd(1024B)
--------get_data.Rmd(565B)
--------2_clustering_seurat.Rmd(5KB)
--------ambientRNA_viz.Rmd(2KB)
--------3_external_markers.Rmd(2KB)
--------singleton_clustering.Rmd(3KB)
--------1_quality_report_elements.R(5KB)
--------create_report.R(15KB)
--------interactive_UMAPs.Rmd(2KB)
--------2_clusters_DEs.Rmd(1KB)
--------2_clustering_elements.R(14KB)
--------3_DE_GO-analysis_elements.R(13KB)
--------scrna_pipeline_report.Rmd(3KB)
--------2_clustering.Rmd(6KB)
--------3_external_markers_elements.R(3KB)
--------ambientRNA_viz_elements.R(1KB)
--------code_generator.py(9KB)
--------2_clusters_DEs_elements.R(3KB)
--------3_Reactome.Rmd(2KB)
--------template()
--------3_hallmark.Rmd(2KB)
----data_factory.R(85KB)
----run_viz_example.sh(2KB)
----external()
--------Human_and_mouse_cell_markers-Markers.tsv(104KB)