文件名称：pipits:自动流水线用于分析Illumina中的真菌ITS
文件大小：34KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 22:49:18
Python
画中画 :mushroom: 用于从Illumina测序平台分析真菌内部转录间隔区（ITS）序列的自动化管道 显示出比QIIME2和Galaxy更好的性能！ - 更新/通知/新闻 更新（2020年4月28日）-PIPITS 2.7 WARCUP系统表错误已修复。 现在，它会生成正确的汇总表（它曾经在“族”级别进行汇总，但现在在“物种”级别进行了汇总） 更新（2020年4月26日）-PIPITS 2.6 BIOM修复了系统表错误。 在升级BIOM（依赖项之一）之后，系统型表无意间被归一化值填充。 现在，此问题已得到纠正，并且可以恢复到以前的行为。 对于只想将OTU表转换为系统型表而又无需再次运行PIPITS的用户，请更新PIPITS，然后（在pipits_env中）： pipits_phylotype_biom -i otu_table.biom -o phylotype_table.txt -l 6
【文件预览】：
pipits-master
----LICENSE(34KB)
----setup.py(1KB)
----README.md(10KB)
----pipits()
--------pipits_SeqIO.py(2KB)
--------__init__.py(0B)
----bin()
--------pipits_funguild.py(1KB)
--------pipits_phylotype_biom(1KB)
--------pipits_rereplicate(3KB)
--------pipits_process(25KB)
--------pipits_getsamplelistfromfasta(1KB)
--------pipits_reformatAssignedTaxonomy(4KB)
--------pipits_funits(13KB)
--------__init__.py(0B)
--------pipits_uc2otutable(3KB)
--------pipits_retrain_rdp(2KB)