gvcf-call:从gVCF文件调用变体

时间:2021-04-09 12:28:17
【文件属性】:
文件名称:gvcf-call:从gVCF文件调用变体
文件大小:4KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-09 12:28:17
Python gvcf呼叫 从gVCF文件调用变体。 给定一个参考面板(归一化的插入缺失,多等位基因分解)和一个单样本gVCF文件基因型,根据gVCF文件中的证据对参考面板中的位置进行基因分型。 gVCF文件不应分解。 假设条件 如果变体“匹配”,则面板变体用样本gVCF文件中的基因型调用(GT)和似然性(PL)进行注释。 面板变型与参考块重叠。 参照区中的每个面板变体都将具有纯合的参照基因型,并且基于全部 ALT具有相同的PL。 面板变体与样本变体匹配。 当且仅当以下两种情况定义为匹配的两个变体: 它们在POS和REF上匹配 面板ALT是样本变体中最可能的ALT 要求 Python3 cyvcf2
【文件预览】:
gvcf-call-main
----gvcf-call.py(7KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(815B)

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