文件名称：pecnv:用于从短读长的 PE 映射中调用结构变体的 C++ 工具
文件大小：180KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-03 02:12:11
C++
#Introduction pecnv是一组 C++ 程序，用于通过短读段的双端映射检测拷贝数变异 (CNV)。 该管道对应于描述和使用的聚类算法 Rogers, RL,JM Cridland, L. Shao, TT Hu, P. Andolfatto 和 KR Thornton (2014) Drosophila yakuba和Drosophila simulans串联重复的站立变异景观。 分子生物学与进化31 ：1750-1766 PMID 24710518， 该包还包含转座元素 (TE) 检测管道的 C++ 实现，描述如下： Cridland, JM, SJ MacDonald, AD Long 和 KR Thornton (2013) 两种果蝇QTL 映射资源中转座因子的丰度和分布分子生物学和进化30 ：2311-2327。 PMID 23883524 #BAM 文件 这些程
【文件预览】：
pecnv-master
----Makefile.am(44B)
----.gitignore(7B)
----Makefile.in(24KB)
----configure(195KB)
----compile(7KB)
----src()
--------Makefile.am(610B)
--------teclust_scan_bamfile.cc(13KB)
--------Makefile.in(19KB)
--------bwa_mapdistance.cc(4KB)
--------teclust_parseargs.hpp(173B)
--------teclust_scan_bamfile.hpp(1KB)
--------cluster_cnv2.cc(18KB)
--------Makefile.old(2KB)
--------file_common.hpp(141B)
--------htslibUtils.cc(4KB)
--------teclust.cc(24KB)
--------common.hpp(187B)
--------pecnv_version.hpp(119B)
--------intermediateIO.hpp(745B)
--------teclust.hpp(113B)
--------cluster_cnv.hpp(123B)
--------teclust_phrapify.cc(17KB)
--------mkgenome.cc(2KB)
--------common.cc(232B)
--------file_common.cc(392B)
--------teclust_parseargs.cc(4KB)
--------process_readmappings.hpp(148B)
--------mkgenome.hpp(116B)
--------teclust_objects.cc(982B)
--------mdist.hpp(117B)
--------intermediateIO.cc(3KB)
--------teclust_objects.hpp(2KB)
--------htslibUtils.hpp(2KB)
--------teclust_phrapify.hpp(660B)
--------process_readmappings.cc(19KB)
--------pecnv.cc(3KB)
----config.h.in(2KB)
----configure.ac(4KB)
----ChangeLog(44B)
----COPYING(34KB)
----depcomp(23KB)
----install-sh(14KB)
----missing(7KB)
----scripts()
--------Makefile.am(45B)
--------Makefile.in(14KB)
--------pecnv.sh(6KB)
--------pecnv_insert_qtile(692B)
----README.md(29KB)
----INSTALL(15KB)
----m4()
--------ax_cxx_compile_stdxx_11.m4(5KB)
----README(13B)
----aclocal.m4(43KB)
----AUTHORS(32B)
----test()
--------run_TEtest_data.sh(2KB)
--------TEvariationsOnTheme.sh(4KB)
--------checkTEoutput.R(3KB)
--------README.md(6KB)
--------run_test_data.sh(2KB)
--------run_test_dataHPC.sh(834B)
----NEWS(38B)