文件名称：VirStrain:用于短读的RNA病毒株级鉴定工具
文件大小：5.99MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-31 03:24:52
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病毒株 RNA病毒株级识别工具，可用于短读。 电子邮件： 版本：V1.0 依存关系： Python> = 3.6（建议使用3.6，现在不支持3.9！） Perl 必需的python软件包：networkx，numpy，pandas，biopython，Plotly == 3.10.0 （如果已安装conda，则可以运行sh install_package.sh来自动安装所有必需的软件包。） 使用VirStrain之前，请确保已安装这些程序。 安装（仅Linux或Ubuntu） git clone https://github.com/liaoherui/VirStrain.git cd VirStrain chmod 755 bin/jellyfish-linux 然后，您可以下载3种RNA病毒的参考数据库。 您可以通过三种方式下载参考数据库。 ->方法1： 跑： cd Vi
【文件预览】：
VirStrain-main
----VirStrain.py(3KB)
----.gitattributes(41B)
----Test_Data()
--------MT451123_2.fq(2.97MB)
--------MT451123_1.fq(2.97MB)
----VirStrain_DB.tar.gz(134B)
----install_package.sh(311B)
----VirStrain_build.py(2KB)
----download.sh(555B)
----MT451123_Sim_PE()
--------VirStrain_report.txt(43KB)
--------Mps_ps_depth.csv(51KB)
--------Ops_ps_depth.csv(23B)
--------VirStrain_report.html(64KB)
----README.md(4KB)
----Output_fmt()
--------report_simulate.png(1.53MB)
--------VirStrain_report_SRR11494747.txt(48KB)
--------VirStrain_report_SRR11494747.html(70KB)
--------VirStrain_report_new.png(732KB)
----bin()
--------S4_Plot_strain_cov_beifen.py(3KB)
--------anno_all_cls_for_pipe.py(1KB)
--------aln2cluster-overlap-kmer-withd.pl(6KB)
--------aln2cluster-overlap-kmer.pl(6KB)
--------S3_Strain_pred_My_Method_V0819_Val_beifen.py(20KB)
--------S2.5_Split_cls_hierarchical.py(13KB)
--------S3_Strain_pred_My_Method_For_HIV.py(7KB)
--------S3_Strain_pred_My_Method_V0819_Val_median.py(21KB)
--------S2_remove_redundant_For_Me.py(2KB)
--------S1_extract_kmer.py(5KB)
--------S4_Plot_strain_cov.py(4KB)
--------jellyfish-linux(3.61MB)
--------S0_remove_complete_same.py(970B)
--------S2.5_Split_cls_hierarchical_with_perl.py(8KB)
--------aln2cluster-withMC-noDash-hiv.py(5KB)
--------S2.5_Split_cls_hierarchical_beifen.py(12KB)
--------S3_Strain_pred_My_Method_V0819_Val.py(22KB)