文件名称：RNA-Seq-Simulator:RNA-Seq 短读长的真实模拟-开源
文件大小：9.38MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-08-08 03:55:31
开源软件
一套 Python 程序，用于生成具有高度真实性的模拟 Illumina RNA-Seq 读数。 读取的起始位置以及读取错误和质量代码的分布都是从真实的 RNA-Seq 数据集凭经验得出的。 该套件包括 Python 脚本，用于准备经验读取创建概率和读取错误分布表，以及生成和后处理模拟读取。
【文件预览】：
RNA-Seq-Simulator
----accumulateFragmentationProbabilityProfilesForSelectedTranscripts.py~(2KB)
----simulateRNA_Seq.py(27KB)
----SAM2origin.py(5KB)
----simulateRNA_Seq.pyc(20KB)
----postprocess_simulation.sh(477B)
----__init__.py(0B)
----compareMaps.py(13KB)
----get_transcript_coverage_counts.py(3KB)
----LICENSE(2KB)
----doc()
--------Tutorial.txt~(3KB)
--------Program_command_lines.txt~(9KB)
--------Tutorial.txt(3KB)
--------Program_command_lines.txt(9KB)
----trimSAMbyRead.py(11KB)
----trimSAMbyRead.pyc(8KB)
----get_transcript_origin_counts.py(3KB)
----simulation()
----get_isoforms_from_coverage.py(10KB)
----calcTranscriptFragmentationProbabilities.py(7KB)
----example_data()
--------read-islands.gff3~(56KB)
--------reads.bam(8.98MB)
--------reads.bam.bai(768B)
--------genes.gff3(30KB)
--------genome.fa(921KB)
----truncateSAM.py(6KB)
----get_isoforms_from_coverage.py~(10KB)
----lib()
--------generateShortReads.py(9KB)
--------depth2wig.py(3KB)
--------__init__.pyc(146B)
--------find_read_islands.pyc(16KB)
--------__init__.py(0B)
--------transcript_coords.py(8KB)
--------samText.py(5KB)
--------gff3Record.pyc(30KB)
--------samRead.py(13KB)
--------repackageSimulation.pyc(4KB)
--------generateAllReads.py(6KB)
--------gff3Record.py(24KB)
--------gff3Iterator.py(8KB)
--------samText.pyc(9KB)
--------find_read_islands.py(22KB)
--------samRead.pyc(20KB)
--------repackageSimulation.py(4KB)
--------transcript_coords.pyc(6KB)
--------generateShortReads.pyc(7KB)
--------gff3Iterator.pyc(6KB)
----simulateRNA_Seq.py~(25KB)
----calcTranscriptFragmentationProbabilities.pyc(11KB)
----countErrorsAndQualityScores.py(7KB)
----README(913B)
----accumulateFragmentationProbabilityProfilesForSelectedTranscripts.py(2KB)