文件名称：scFunctions:单细胞数据分析功能
文件大小：3.22MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 10:35:17
HTML
scFunctions Florian Wuennemann的单细胞数据分析功能集合。 主要对Seurat对象进行操作。 有关Seurat和对象结构的更多信息，请参见 。 安装 使用devtools install_github函数安装软件包，如下所示： library(devtools) install_github("FloWuenne/scFunctions") SCENIC功能 您可以在此[tutorial]中找到有关如何使用此软件包中的功能来进一步处理和分析SCENIC结果的指南）：
【文件预览】：
scFunctions-master
----.gitignore(29B)
----NAMESPACE(932B)
----R()
--------binarize_regulons_nextflow.R(1KB)
--------extract_data_for_shiny_clustering.R(2KB)
--------binarize_regulons.R(1KB)
--------plot_csi_modules.R(1KB)
--------calculate_rrs.R(3KB)
--------prepare_clustering_for_shiny.R(4KB)
--------auc_thresh_kmeans.R(2KB)
--------Impute_Seurat_MAGIC.R(2KB)
--------perform_fgsea.R(5KB)
--------export_seurat_to_shiny_scCluster.R(4KB)
--------summarize_cell_types.R(3KB)
--------plot_bin_regulon_UMAP.R(2KB)
--------export_data_from_seurat.R(2KB)
--------auc_thresh_kmeans_nextflow.R(2KB)
--------calc_csi_module_activity.R(2KB)
--------plot_rrs_ranking.R(3KB)
--------calculate_csi.R(2KB)
--------DE_Seurat.R(11KB)
----.Rbuildignore(28B)
----.DS_Store(6KB)
----man()
--------binarize_regulons.Rd(934B)
--------plot_bin_regulon_UMAP.Rd(987B)
--------auc_thresh_kmeans_nextflow.Rd(1KB)
--------perform_fgsea.Rd(972B)
--------prepare_clustering_for_shiny.Rd(1KB)
--------calculate_csi.Rd(644B)
--------DE_Seurat.Rd(2KB)
--------calc_csi_module_activity.Rd(545B)
--------plot_csi_modules.Rd(660B)
--------binarize_regulons_nextflow.Rd(1KB)
--------summarize_cell_types.Rd(1KB)
--------export_seurat_to_shiny_scCluster.Rd(1KB)
--------auc_thresh_kmeans.Rd(920B)
--------impute_seurat_MAGIC.Rd(704B)
--------calculate_rrs.Rd(854B)
--------extract_data_for_shiny_clustering.Rd(2KB)
--------plot_rrs_ranking.Rd(1KB)
--------export_data_from_seurat.Rd(839B)
----README.md(621B)
----example_data()
--------regulonAUC_subset.Rds(2.24MB)
--------metadata_sub.Rds(63KB)
----scFunctions.Rproj(386B)
----Tutorials()
--------process_SCENICprotocol.Rmd(677B)
--------Rplot001.jpeg(72KB)
--------process_SCENIC.md(28KB)
--------process_SCENICprotocol.html(615KB)
--------process_SCENIC_files()
--------process_SCENIC.Rmd(16KB)
----DESCRIPTION(686B)