文件名称：层次分析matlab代码-scEpath:基于能量景观的方法，用于测量发育状态并从单细胞RNA-seq数据推断细胞轨迹
文件大小：8.59MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 09:35:05
系统开源
层次分析matlab代码路径 scEpath软件包（用于分析单细胞RNA-seq数据的新型工具） 概述 这是scEpath（“单细胞能量路径”）的MATLAB软件包。 scEpath是一种新颖的计算方法，用于定量测量单细胞的发育能力和可塑性以及细胞状态之间的转移概率，并从单细胞基因表达数据推断谱系关系和伪时间顺序。 此外，scEpath还可以进行许多下游分析，包括针对给定的细胞簇或伪时间识别最重要的标记基因或转录因子。 scEpath推断细胞轨迹的合理性是基于著名的Waddington的景观隐喻来描述发育过程中的细胞动力学。 下面是一篇论文的概念图（Takahashi等人，开发，2015年） 查看详细的方法和应用程序。 以下是scEpath的概述。 系统要求 scEpath独立于操作系统，因为它是用Matlab编写的。 运行scEpath的基本要求包括MATLAB和统计工具箱。 伪时间估计步骤需要使用R包“ princurve”进行主曲线分析。 在这种情况下，运行scEpath时需要R和Matlab。 该软件包已在Mac OS / 64位Windows上使用MATLAB 2016a /