文件名称：BESST_RNA:使用RNA seq数据的基因组组装支架
文件大小：50KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 19:27:25
Python
BESST_RNA 使用RNA seq数据的基因组组装支架。 输入： 必选参数： -c重叠群文件的路径。 -f映射到程序集的RNA-seq数据的bamfile的路径。 -o输出位置的路径。 可选参数 -e在图形中创建链接边所需的见证链接的数量最少（每个库一个）。 -w实际重量参数。 从给定的重叠群端推断出多个边，就需要选择要选择的那条边。 -w是给定毗连端的主导边缘（链接的最多数量）到第二主导边缘的相对权重的最小阈值。 如果权重小于指定的-w，则不会选择任何边缘来扩展此重叠群。 预设值为3。 -T RNA读取之间距离的上限。 距离超过此阈值的RNA读数被认为未正确定位。 例如可以设置为估计的内含子大小上限。 -k要包含在脚手架中的重叠群的最小大小。 -d检查重复序列的顺序，如果发生重复，则仅计算其中一个（在计算链接的nr时）。 （默认开启= 1）。 -z重复分类的覆盖
【文件预览】：
BESST_RNA-master
----README.md(2KB)
----src()
--------ExtendLargeScaffolds.py(10KB)
--------GenerateOutput.py(7KB)
--------GapCalculator.py(4KB)
--------MakeScaffolds.py(17KB)
--------Contig.pyc(1021B)
--------MakeScaffolds.pyc(9KB)
--------ExtendLargeScaffolds.pyc(6KB)
--------Scaffold.pyc(856B)
--------GapCalculator.pyc(4KB)
--------CreateGraph.pyc(15KB)
--------Norm.pyc(2KB)
--------Main.py(12KB)
--------GenerateOutput.pyc(6KB)
--------Parameter.py(2KB)
--------Parameter.pyc(2KB)
--------CreateGraph.py(24KB)
--------Contig.py(879B)
--------Norm.py(1KB)
--------SW-python()
--------Scaffold.py(1KB)
----scripts()
--------uppmax_runBESST_RNA.sh(710B)