文件名称：smartdenovo:超长的de novo汇编程序，使用长噪音读取
文件大小：269KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 22:18:22
assembler pacbio C
入门 # Download sample PacBio from the PBcR website wget -O- http://www.cbcb.umd.edu/software/PBcR/data/selfSampleData.tar.gz | tar zxf - awk ' NR%4==1||NR%4==2 ' selfSampleData/pacbio_filtered.fastq | sed ' s/^@/>/g ' > reads.fa # Install SMARTdenovo git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git && (cd smartdenovo ; make) # Assemble (raw unitigs in wtasm.lay.utg; consensus unitigs: wtasm.cns
【文件预览】：
smartdenovo-master
----wtclp.c(33KB)
----list.h(18KB)
----wtcyc.c(6KB)
----wtgbo.c(21KB)
----run_zmo.sh(915B)
----pbh5tof5q.c(11KB)
----run_dmo.sh(797B)
----kswx.h(44KB)
----bitvec.h(14KB)
----dna.h(15KB)
----pbcorr_dbg.h(2KB)
----Makefile.pbh5(590B)
----string.h(8KB)
----wtdif.c(12KB)
----mem_share.h(17KB)
----LICENSE.txt(34KB)
----wtcorr.c(53KB)
----counting_bloom_filter.h(4KB)
----wtobt.c(22KB)
----wtbase.h(5KB)
----wtjnt.c(23KB)
----heap.h(4KB)
----wtidx.c(8KB)
----hzm_aln.h(56KB)
----pbcluster_upgma.pl(2KB)
----rename_fa.pl(914B)
----golomb.h(5KB)
----README-tools.md(15KB)
----wtzmo.c(62KB)
----fq2fa.pl(144B)
----bitsvec.h(5KB)
----wtsky.c(46KB)
----sort.h(14KB)
----block_sparse_array.h(3KB)
----upgma.h(4KB)
----wtcns.c(31KB)
----longest_pacbio_subreads_f5q.pl(910B)
----wtlay.h(23KB)
----file_reader.c(12KB)
----file_reader.h(6KB)
----dbm_read_fa.pl(1KB)
----pbcorr_dbg.c(23KB)
----wtidx.h(2KB)
----README.md(2KB)
----Makefile(3KB)
----ksw.h(5KB)
----hashset.h(33KB)
----pbcluster_haplo.pl(2KB)
----dagcns.h(17KB)
----wtmsa.c(25KB)
----smartdenovo.pl(4KB)
----wtlay.c(99KB)
----wtmer.c(4KB)
----linkset.h(5KB)
----longest_pacbio_subreads.pl(672B)
----wtpre.c(4KB)
----queue.h(4KB)
----wtext.c(18KB)
----pomsa.h(25KB)
----ksw.c(25KB)
----timer.h(5KB)
----rename_fq.pl(933B)
----pairaln.c(5KB)
----seq_n50.pl(915B)
----dbm_index_fa.pl(575B)
----bloom_filter.h(3KB)
----bit2vec.h(3KB)
----thread.h(8KB)
----large_seqs.pl(720B)