文件名称：PySCUBA:使用分叉分析的单细胞群集Python
文件大小：1.61MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 09:47:21
Python
PySCUBA PySCUBA代表“使用分叉分析进行单细胞聚类的Python”。 PySCUBA是一种新颖的计算方法，可从单细胞基因组数据中提取谱系关系，并对与细胞分化相关的动态变化进行建模。 PySCUBA借鉴了非线性动力学技术和随机微分方程的知识，为建模涉及多谱系规格的复杂过程提供了系统的框架。 有此方法的MATLAB实现。 但是，PySCUBA是一个完整的大修和重新设计，其中已解决了一些错误，数学上的不一致以及对异常情况的不当处理。 PySCUBA还带有一个GUI，使用针对Qt框架的Python包装器编写： PySCUBA是开源的，可以在没有高昂的许可费的情况下使用，这些高额的许可费妨碍了我们的一些同事。 此外，PySCUBA是处理相应计算生物学方法基础的计算和数据处理的一种更快，更有效的方法。 通过基准比较发现，在完成MATLAB代码约需20分钟的情况下，PySCUBA可以
【文件预览】：
PySCUBA-master
----setup.py(3KB)
----src()
--------PySCUBA()
----MANIFEST.in(64B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(6KB)
----img()
--------PySCUBA_screenshot_select_data.png(475KB)
--------PySCUBA_screenshot_select_display.png(386KB)
--------PySCUBA_screenshot_starting.png(24KB)
--------PySCUBA_screenshot_display.png(417KB)
--------PySCUBA_screenshot_mission_accomplished.png(328KB)