文件名称：pyPipeline:Andersen Lab 基于 Python 的管道，用于变体调用
文件大小：28KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-16 14:12:02
Python
管道 快速查询 Nextera 适配器修整 创建调试模式，对前 x 行进行采样以进行分析。 比对序列：BAM 与 BWA 保持一致 删除光学重复项（Picard 工具） Sbatch 作业依赖项 重复阅读报告/总结 变体调用 从 fastq 列表构建文件。 联合呼叫 并行化（通过染色体；然后合并） 过滤器 柔软的 难的 杂合偏振滤光片 个人通话 并行化（跨区域） 合并单个样本（选项） 标准过滤器 硬过滤器 删除个人（临时文件；选项） 杂合偏振滤光片 生成联合站点 使用联合变体集召回 Sbatch 作业依赖项 联合呼叫 个人通话 添加用于在 IGV 中查看的“降级”VCF 功能（临时） 编写用于测试 .csi 索引完整性的函数（例如，查看是否较旧，检查大小，可选择检查文件中是否存在 1+ 个变体。） 来电者 Samtools/bcfto
【文件预览】：
pyPipeline-master
----pipe.py(8KB)
----align.py(7KB)
----merge_bams.py(3KB)
----tools()
--------install_tools.sh(606B)
----call_snps_joint.py(2KB)
----merge_vcfs_individual.py(3KB)
----call_snps_individual.py(4KB)
----het_polarization.py(3KB)
----LICENSE(1KB)
----__init__.py(0B)
----analysis.yaml(948B)
----.gitignore(643B)
----default.config.yaml(223B)
----concat_vcfs_joint.py(2KB)
----README.md(2KB)
----utils()
--------constants.py(751B)
--------logs.py(2KB)
--------utils.py(5KB)
--------genomes.yaml(602B)
--------configuration.py(15KB)
--------seq_utils.py(9KB)
--------__init__.py(19B)
--------genomes.py(2KB)
--------bam.py(969B)