【文件属性】：
文件名称：pyPipeline:Andersen Lab 基于 Python 的管道，用于变体调用
文件大小：28KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-06-26 20:25:22
Python
管道
快速查询
Nextera 适配器修整
创建调试模式，对前 x 行进行采样以进行分析。
比对序列：BAM
与 BWA 保持一致
删除光学重复项（Picard 工具）
Sbatch 作业依赖项
重复阅读报告/总结
变体调用
从 fastq 列表构建文件。
联合呼叫
并行化（通过染色体；然后合并）
过滤器
柔软的
难的
杂合偏振滤光片
个人通话
并行化（跨区域）
合并单个样本（选项）
标准过滤器
硬过滤器
删除个人（临时文件；选项）
杂合偏振滤光片
生成联合站点
使用联合变体集召回
Sbatch 作业依赖项
联合呼叫
个人通话
添加用于在 IGV 中查看的“降级”VCF 功能（临时）
编写用于测试 .csi 索引完整性的函数（例如，查看是否较旧，检查大小，可选择检查文件中是否存在 1+ 个变体。）
来电者
Samtools/bcfto
【文件预览】：
pyPipeline-master
----pipe.py(8KB)
----align.py(7KB)
----merge_bams.py(3KB)
----tools()
--------install_tools.sh(606B)
----call_snps_joint.py(2KB)
----merge_vcfs_individual.py(3KB)
----call_snps_individual.py(4KB)
----het_polarization.py(3KB)
----LICENSE(1KB)
----__init__.py(0B)
----analysis.yaml(948B)
----.gitignore(643B)
----default.config.yaml(223B)
----concat_vcfs_joint.py(2KB)
----README.md(2KB)
----utils()
--------constants.py(751B)
--------logs.py(2KB)
--------utils.py(5KB)
--------genomes.yaml(602B)
--------configuration.py(15KB)
--------seq_utils.py(9KB)
--------__init__.py(19B)
--------genomes.py(2KB)
--------bam.py(969B)