文件名称：saw.sarek:用于人类队列的完整基因组序列变体调用管道
文件大小：4.42MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-02 16:32:36
Nextflow
开源分析管道可从整个基因组或靶向测序中检测种系或体细胞变异 介绍 Sarek是一种工作流程，旨在检测整个基因组或目标测序数据上的变异。 最初设计用于人类和小鼠，它可以在具有参考基因组的任何物种上工作。 Sarek还可以处理肿瘤/正常配对，并且可能包括其他复发。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有Docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 它在工具和数据服务注册中心和Dockstore中列出。 快速开始 安装Nextflow 安装Docker ， Singularity或Podman任何一个以实现完整的管道重现性（请仅将Conda作为最后的手段；请参阅docs ） 下载管道并使用单个命令在最小数据集上对其进行测试： nextflow run nf-core/sarek -profile test, < dock