文件名称：pyensembl:Python界面可访问Ensembl的参考基因组特征（例如基因，转录本和外显子）
文件大小：101KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 19:40:23
Python
PyEnsembl PyEnsembl是一个Python接口，用于参考基因组元数据（例如外显子和转录本）。 PyEnsembl从Ensembl FTP服务器下载和文件，并将它们加载到本地数据库中。 PyEnsembl还可以使用通过用户提供的GTF和FASTA文件指定的自定义参考数据。 用法示例 from pyensembl import EnsemblRelease # release 77 uses human reference genome GRCh38 data = EnsemblRelease ( 77 ) # will return ['HLA-A'] gene_names = data . gene_names_at_locus ( contig = 6 , position = 29945884 ) # get all exons associated with HLA-
【文件预览】：
pyensembl-master
----MANIFEST.in(34B)
----pylintrc(169B)
----requirements.txt(159B)
----CONTRIBUTING.md(2KB)
----pyensembl()
--------ensembl_release.py(5KB)
--------locus.py(8KB)
--------species.py(7KB)
--------ensembl_release_versions.py(1KB)
--------__init__.py(2KB)
--------exon.py(2KB)
--------normalization.py(2KB)
--------locus_with_genome.py(2KB)
--------search.py(1KB)
--------shell.py(9KB)
--------transcript.py(16KB)
--------logging.conf(722B)
--------download_cache.py(12KB)
--------database.py(22KB)
--------ensembl_url_templates.py(5KB)
--------genome.py(39KB)
--------reference_name.py(3KB)
--------gene.py(3KB)
--------memory_cache.py(5KB)
--------fasta.py(5KB)
--------sequence_data.py(5KB)
--------common.py(3KB)
----.travis.yml(5KB)
----LICENSE(11KB)
----test()
--------test_memory_cache.py(3KB)
--------test_ensembl_gtf.py(267B)
--------test_string_representation.py(2KB)
--------test_serialization.py(4KB)
--------test_search.py(2KB)
--------test_transcript_objects.py(7KB)
--------test_download_cache.py(2KB)
--------data.py(5KB)
--------test_timings.py(3KB)
--------test_locus.py(5KB)
--------test_id_length.py(786B)
--------__init__.py(0B)
--------test_transcript_support_level.py(2KB)
--------test_release_versions.py(960B)
--------test_sequence_data.py(2KB)
--------test_transcript_sequences.py(626B)
--------test_ensembl_object_properties.py(566B)
--------test_mouse.py(2KB)
--------test_transcript_ids.py(2KB)
--------data()
--------test_exon_object.py(4KB)
--------test_ucsc_gtf.py(4KB)
--------test_gene_names.py(2KB)
--------test_contigs.py(282B)
--------test_missing_genome_sources.py(4KB)
--------test_gene_objects.py(2KB)
--------test_exon_id.py(4KB)
--------common.py(2KB)
--------test_gene_ids.py(2KB)
----RELEASING.md(775B)
----setup.py(3KB)
----README.md(7KB)
----lint.sh(441B)
----docs()
--------pyensembl.rst(3KB)
--------make.bat(7KB)
--------conf.py(9KB)
--------index.rst(442B)
--------Makefile(7KB)
--------modules.rst(64B)
----.gitignore(544B)