文件名称：scBurstSim：单细胞转录爆发和噪声模拟器
文件大小：1.07MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 14:17:11
Python
scBurstSim 单细胞转录爆发/波动和噪声模拟器 在单细胞水平上对转录和采样噪声进行随机建模。 用法 usage: main.py [-h] -nc [number of cells] -sf [strategies_file] [-g [gap minutes)]] [-w [window length(minutes]] [-e [efficiency of RNA retrieval]] [-o [out_dir]] optional arguments: -h, --help show this help message and exit -nc [number of cells], --nr_cells [number of cells]
【文件预览】：
scBurstSim-master
----setup.py(385B)
----simulator()
--------__init__.py(0B)
--------transcription_plots.py(2KB)
--------Experiment.py(11KB)
--------StrategyReader.py(3KB)
--------Transcription.py(8KB)
--------StrategyGenerator.py(8KB)
----.gitignore(2KB)
----single_allele_example.py(6KB)
----requirements.txt(50B)
----data()
--------Larsson 2019 C57 allele.csv(826KB)
--------Larsson 2019 CAST allele.csv(823KB)
--------strategies.csv(915B)
--------Herzog 2017 table 2.csv(624KB)
--------strategies_mixed.csv(47KB)
----analysis()
--------SimulatedDistribution.py(2KB)
--------analyze_active_state.py(4KB)
--------show_distributions.py(8KB)
--------cluster_alleles.py(9KB)
--------data_analysis.py(9KB)
--------correlation_labels.py(4KB)
--------analyze_parameters.py(14KB)
--------infer_parameters_example.py(7KB)
--------infer_parameters_poisson.py(14KB)
----utils()
--------utils.py(265B)
----README.md(6KB)
----read_larsson2019.py(5KB)
----generate_strategies.py(3KB)
----solution()
--------nonstationary.py(8KB)
--------nonstat_markov.py(2KB)
--------stationary.py(3KB)
----main.py(5KB)