文件名称：pybedtools:适用于Aaron Quinlan的BEDTools（生物信息学工具）的Python包装器以及更多内容
文件大小：11.97MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 11:41:01
Python
概述 广泛用于基因组间隔操纵或“基因组代数”。 pybedtools包装并扩展了BEDTools，并提供了Python内部的功能级操作。 请参阅完整在线文档，包括安装说明。 为什么要使用pybedtools？ 这是获取距基因间SNP小于5 kb的基因名称的示例： from pybedtools import BedTool snps = BedTool ( 'snps.bed.gz' ) # [1] genes = BedTool ( 'hg19.gff' ) # [1] intergenic_snps = snps . subtract ( genes ) # [2] nearby = genes . closest ( intergenic_snps , d = True , stream = True ) # [2, 3]