文件名称：Storshow:交互式可视化批量RNA序列的管道
文件大小：84KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-16 13:28:16
R
Storshow Storshow获取大量RNA-seq的计数矩阵，并返回一个Shiny应用程序 将Storshow目录从GitHub克隆到storshow_dir 运行conda env create -f CondaEnv.yaml以创建conda环境 运行conda激活storshow 运行python storshow_dir / Storshow -c input / counts.tsv --coldata input / coldata.tsv --compar input / ctr_treat.tsv --style input / style.tsv -o outputdir 命令行选项 [-h] [-有机体] [--f前缀前缀] [--rm_samples rm_samples] [--geneFilt geneFilt] [--DESeq2_padj DESe
【文件预览】：
Storshow-main
----Storshow(8KB)
----Snakefile(6KB)
----TODO.md(2KB)
----env()
--------CondaEnv.yaml(852B)
--------defaults.yaml(214B)
----README.md(1KB)
----scripts()
--------readYaml.R(2KB)
--------preProc.R(8KB)
--------geneClusters.R(3KB)
--------config.yaml(3KB)
--------signatures()
--------saveFgseaAllPath.R(2KB)
--------saveFgseaCustom.R(2KB)
--------storshow_functions.R(73KB)
--------bulk_RNA_seq_ShinyInternal.R(102KB)
--------saveKegg.R(2KB)
--------DESeq2.R(5KB)
--------wrapperReadYaml.R(76B)
--------families.R(11KB)
--------saveAppRscript.R(3KB)
--------geneClTrend.R(3KB)
--------savePadjDf.R(2KB)
--------helpScript.R(3KB)
--------saveEgoS.R(2KB)