RNA-Seq-Pipeline:用 Python 编写的 RNA-Seq 管道

【文件属性】：

文件名称：RNA-Seq-Pipeline:用 Python 编写的 RNA-Seq 管道

文件大小：11KB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-06-25 20:56:08

Python

rnaSeqPipelineGLBRC.py 目的： Implementation of the Gasch lab RNA-Seq pipeline. 输入 ： A text file with RNA-Seq fastq files to be processed. 请使用专用目录来运行管道。 创建您的目录并将您的 fastq 文件复制到该目录中。 通过移动到工作目录并运行 /bin/ls *.fastq > input.txt 来生成输入文件 所需参数： -f input.txt To run default enter: /home/GLBRCORG/mplace/scripts/rnaSeqPipelineGLBRC.py -f input.txt 可选参数： -r this will use "-s reverse" parameter for HTSeq

【文件预览】：
RNA-Seq-Pipeline-master
----remove3primeAFastq.py(4KB)
----README.md(2KB)
----rnaSeqPipelineGLBRC.py(24KB)
----findreplace_WIG.pl(2KB)