【文件属性】:
文件名称:RNA-Seq-Pipeline:用 Python 编写的 RNA-Seq 管道
文件大小:11KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-06-06 03:09:28
Python
rnaSeqPipelineGLBRC.py
目的:
Implementation of the Gasch lab RNA-Seq pipeline.
输入 :
A text file with RNA-Seq fastq files to be processed.
请使用专用目录来运行管道。 创建您的目录并将您的 fastq 文件复制到该目录中。 通过移动到工作目录并运行 /bin/ls *.fastq > input.txt 来生成输入文件
所需参数:
-f input.txt
To run default enter: /home/GLBRCORG/mplace/scripts/rnaSeqPipelineGLBRC.py -f input.txt
可选参数:
-r this will use "-s reverse" parameter for HTSeq
【文件预览】:
RNA-Seq-Pipeline-master
----remove3primeAFastq.py(4KB)
----README.md(2KB)
----rnaSeqPipelineGLBRC.py(24KB)
----findreplace_WIG.pl(2KB)
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- This script is designed to run on the GLBRC scarcity servers 6-10.