文件名称：EXCAVATOR2tool:用于从全外显子组测序数据检测CNV的增强工具-开源
文件大小：428.79MB
文件格式：TGZ
更新时间：2024-05-20 11:34:37
开源软件
注意!!!!!注意!!!!!注意!!!!!注意!!!!! 我们最近在BMC Genomics上发布了一种名为XCAVATOR的新型软件包，用于从短读和长读全基因组测序实验中识别CNV / CNA（https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017- 4137-0）。 XCAVATOR可从http://sourceforge.net/projects/xcavator/免费获得。 EXCAVATOR2是bash，R和Fortran脚本和代码的集合，用于分析全外显子组测序（WES）数据以识别CNV。 EXCAVATOR2通过整合目标内和目标外读数的分析，增强了对所有基因组CNV（重叠和非重叠目标外显子）的识别。 EXCAVATOR2可有效用于小型和大规模重测序人群以及癌症研究中的CNV鉴定。 EXCAVATO2论文：http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/08/09/nar.gkw695.full?keytype=ref&ijkey=O8r64Qj8
【文件预览】：
EXCAVATOR2_Package_v1.1.2
----SourceTarget.txt(35B)
----ParameterFile.txt(533B)
----docs()
--------EXCAVATOR2 Manual.pdf(590KB)
----data()
--------support()
--------centromere()
--------ucsc.hg19.bw(215.82MB)
--------targets()
--------GCA_000001405.15_GRCh38.bw(236.59MB)
----EXCAVATORDataPrepare.pl(4KB)
----EXCAVATORDataAnalysis.pl(7KB)
----TargetPerla.pl(6KB)
----lib()
--------F77()
--------perl()
--------OtherLibrary()
--------R()
--------bash()