文件名称：GenomicProcessingPipeline：用于处理“原始”基因组数据的管道（全基因组测序，RNA测序和靶标捕获测序）
文件大小：28KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 22:37:51
Shell
基因组处理管道 用于处理“原始”基因组数据的管道（全基因组测序，RNA测序和靶标捕获测序）
【文件预览】：
GenomicProcessingPipeline-main
----q.reads2vcf.sh(73KB)
----q.MitoHaplotypeTreeEstimation.sh(1KB)
----pythonScripts()
--------changeGenomeHeaders.py(428B)
--------parseBlastLog.py(579B)
--------Loci_avgDepth.py(1KB)
--------sampleVCFgenes_filterHighVariation.py(3KB)
--------parseAndTranslate.py(1KB)
--------parseBED.py(540B)
--------foundGenes2GFF.py(1KB)
--------filterGenotypeByDepth.py(258B)
--------getVariableGenes.py(305B)
--------modifyGFF_gffread.py(412B)
--------createIntervalList.py(429B)
--------getVariableRegionsGFF.py(543B)
--------vcf2table.py(3KB)
--------ThymineReplacement.py(196B)
--------avgDepth.py(839B)
--------Overhangs_avgDepth.py(827B)
--------Exons_avgDepth.py(827B)
--------shrinkGFF.py(5KB)
--------sampleVCFgenes.py(2KB)
--------filterExons.py(1KB)
--------getTranscriptLengths.py(2KB)
----README.md(144B)
----q.rsyncTsirtalGenome.sh(1KB)