文件名称：Metagenome-assembled-genomes-workflow:从shot弹枪测序的元基因组构建元基因组组装基因组（MAG）的工作流程
文件大小：100KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-22 06:39:28
Shell
自述文件 描述： 此工作流采用一组输入的shortgun测序元基因组，并使用当前可用程序构建元基因组组装的基因组（MAG）。 该工作流包括可以提交给PBS / TORQUE作业计划程序的作业脚本，但可以将其转移到其他集群。 按照自述文件运行此工作流程。 Snakemake工作流程 包含megahit汇编器和用于重建MAG的metabat2分箱工具的工作流程的简化版本被写入了蛇形工作流程。 要运行此工作流程，请遵循snakemake-workflow中的自述文件 元基因组的可视化 对于元基因组，分类和功能注释的可视化，此处提供了可用的R脚本 运行脚本的步骤 首先设置脚本运行以下命令，将找到以.sh扩展名保存的作业脚本，并替换电子邮件地址并添加路径，以确保将CHNAGE MY EMAIL ADDRESS此处发送给您， for f in */*.sh; do sed -i 's/YOUREM
【文件预览】：
Metagenome-assembled-genomes-workflow-master
----snakemake-workflow()
--------snakefile-cross-assembly-bacterial(5KB)
--------README.md(1KB)
--------reads()
----snakefile-cross-assembly(5KB)
----assembly()
--------3-quast.sh(736B)
--------2-dedupe.sh(1KB)
--------1-megahit.sh(544B)
--------1-spades.sh(513B)
--------README(1020B)
----functions()
--------README(318B)
--------fraggenescan.sh(426B)
--------prokka.sh(470B)
----taxa()
--------centrifuge.sh(488B)
--------kraken.sh(901B)
--------README(2KB)
--------focus.sh(648B)
----snakefile-phage-bins(2KB)
----scripts()
--------kraken-multiple-taxa.py(2KB)
--------quast_table.py(6KB)
--------pear(711KB)
----README.md(6KB)
----README.md.save(6KB)
----reads()
--------README(520B)
----binning()
--------1-bamfiles.sh(770B)
--------2-metabat2.sh(463B)
--------3-checkm.sh(966B)
--------2-concoct.sh(1KB)
--------3-dastool.sh(680B)
--------README(1KB)