文件名称：MAGpy:Snakemake管道，用于注释由基因组组装的基因组（MAG）（发音为mag-pie）
文件大小：1.48MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 01:02:53
Perl
重要的 请不要使用这个最初版本- 磁极 MAGpy是Snakemake管道，用于注释由基因组组装的基因组（MAG）（发音为mag-pie ） 注意MAGpy处于“ alpha”状态。 我们喜欢提前发布，并且经常发布。 MAGpy可在我们的系统上运行，并已在中使用，但我们不能保证它会在您的系统上运行。 目前，我们可能没有足够的资源来帮助您在系统上运行它，对不起，但是我们会尽力 MAGpy将FASTA文件的目录（扩展名为.fa）作为输入。 每个FASTA文件应包含重叠群组成A M etagenome-一个ssembled摹enome，或MAG。 MAGpy然后运行一系列软件工具，以帮助注释和表征这些基因组。 具体来说： 运行CheckM来表征基因组完整性和污染 Sourmash用于比较RefSeq和GenBank基因组的基因组 败家可用于预测蛋白质序列 Diamond用于针对UniProt
【文件预览】：
MAGpy-master
----shells()
--------checkm.sh(107B)
--------hmmscan.sh(109B)
--------cutadapt.sh(111B)
--------samtools.sh(111B)
--------phylophlan.sh(118B)
--------diamond.sh(109B)
--------sourmash.sh(112B)
--------megahit.sh(109B)
--------pfam_scan.sh(116B)
--------prokka.sh(107B)
----MAGpy.json(980B)
----mags()
--------ecoli.fa(4.48MB)
--------mag.fa(67KB)
----envs()
--------MAGpy-2.7.yaml(295B)
--------MAGpy-3.5.yaml(342B)
----scripts()
--------add_tax_diamond.py(2KB)
--------copy_and_clean.pl(568B)
--------add_tax.py(2KB)
--------sourmash_report.pl(214B)
--------produce_tree.pl(2KB)
--------update_ete3.py(100B)
--------diamond_report.pl(3KB)
----MAGpy(4KB)
----LICENSE(34KB)
----config.json(193B)
----MAGpy_dag.png(2.68MB)
----README.md(6KB)
----install.md(16B)