文件名称：MAG_Snakemake_wf:从shot弹枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组
文件大小：1.5MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 20:23:05
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MAG Snakemake工作流程 内容 概述 该管道可用于从短读，与宿主相关的宏基因组学数据集中恢复和评估原核MAG。 使用两个文件指定了分析的数据，该文件详细描述了要分析的联合样品和单次运行。 文件run.txt具有单次运行的SRA登录名，每行中具有不同的登录名。 文件coassembly_runs.txt指定了协同装配示例。 该文件采用表格格式，分为三列，第一列指定所得联合样品的名称。 r1和r2列指定构成每个共同装配样本的正向和反向读取的路径，每个读取路径用逗号分隔。 在这个管道中，我们使用了先前由Almeida等人分析过的一小部分肠道数据集。 有40个单次运行和2个组装样品。 联合装配样本是根据选择用于执行联合装配的元数据命名的。 如果运行不公开，则应将其放置在Snakefile的子目录data / raw中。 正向和反向读取必须分别具有扩展名_1.fastq和_2.fastq。
【文件预览】：
MAG_Snakemake_wf-master
----Snakefile(3KB)
----coassembly_runs.txt(2KB)
----LICENSE(33KB)
----Anticipated_Results()
--------Fig3()
--------Fig4()
--------Fig2()
----runs.txt(378B)
----scripts()
--------cmseq.sh(3KB)
--------polymut.py(4KB)
--------rename_multifasta_prefix.py(1KB)
--------plotting()
----README.md(7KB)
----clusterconfig.yaml(4KB)
----modules()
--------sra_download.Snakefile(1KB)
--------refine.Snakefile(5KB)
--------framework.Snakefile(10KB)
--------binning.Snakefile(4KB)
--------assembly.Snakefile(2KB)
--------coas.Snakefile(3KB)
--------cmseq.Snakefile(9KB)
--------dRep_GTDB.Snakefile(5KB)
--------refine_coas.Snakefile(5KB)
--------dnadiff.Snakefile(6KB)
--------preprocessing.Snakefile(9KB)
----config.yaml(165B)