文件名称：bin3C:使用Hi-C从宏基因组学数据中提取由元基因组组装的基因组（MAG）
文件大小：1.89MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 09:33:04
Python
bin3C 使用Hi-C从宏基因组学数据中提取元基因组组装的基因组（MAG）。 关于最新代码库的注意事项： 目前，鼓励用户签出发育性extraction或gothic分支。 这些扩展最终将合并到master分支中。 介绍 bin3C是一种尝试从宏基因组shot弹枪测序实验中提取所谓的元基因组组装基因组或MAG的工具。 实现此目标的主要前提是随附的Hi-C测序数据集。 简而言之，组装了gun弹枪测序，并使用Hi-C读集将组装重叠群/支架整合到基因组仓中。 在我们对模拟验证数据集的测试中，bin3C基因组装箱解决方案具有较高的精度（> 0.95），因为与非HiC方法相比，提取的基因组具有较低的污染，并且在实际实验情况下具有良好的召回率（0.65）。 目前，bin3C仅使用短读测序数据进行了测试。 数据要求和建议 宏基因组shot弹枪测序读集。 bin3C是使用Illuminina短读取
【文件预览】：
bin3C-master
----.gitmodules(107B)
----split_ref.py(2KB)
----Pipfile(360B)
----LICENSE(34KB)
----Pipfile.lock(26KB)
----Makefile.infomap(300B)
----requirements.txt(125B)
----bin3C.py(9KB)
----.gitignore(1KB)
----mzd()
--------io_utils.py(6KB)
--------utils.py(1KB)
--------contact_map.py(53KB)
--------louvain.py(7KB)
--------cluster.py(27KB)
--------seq_utils.py(9KB)
--------__init__.py(0B)
--------likelihood.py(3KB)
--------sparse_utils.py(16KB)
--------exceptions.py(2KB)
--------splitters.py(3KB)
----README.md(13KB)
----external()
--------ModularityOptimizer.jar(16KB)
--------simap-1.0.0.jar(188KB)
--------Infomap(3.43MB)
--------mcl(1.05MB)
--------infomap_repo()