文件名称：matlab代码左移-suite2p:Suite2p
文件大小：20.92MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 22:40:37
系统开源
matlab代码左移Suite2p 用于处理两光子钙成像数据的管道。 版权所有（C）2018 Howard Hughes Medical Institute Janelia Research Campus suite2p包含以下模块： 登记 细胞检测 峰值检测 可视化GUI 将于8月19日至23日在Janelia举办一次关于suite2p和公斤排序的研讨会，请参阅详细信息。 将提供房间和饭菜。 这段代码是由Carsen Stringer和Marius Pachitariu编写的。 要获取支持，请打开。 参考文件是。 解卷积算法基于，设置基于。 上提供了更详细的文档。 有关GUI演示，请参见此twitter [thread] 。 可以使用matlab版本。 请注意，该算法较旧，并且在非圆形ROI上效果不佳。 安装 安装Python发行版-选择Python 3.x和您的操作系统。 请注意，如果您没有将anaconda添加到路径，则可能需要使用anaconda提示符。 从资源库下载environment.yml文件 在路径中使用conda打开anaconda提示符/命令提示符，用于pytho
【文件预览】：
suite2p-master
----MANIFEST.in(308B)
----gui_images()
--------mesoscope_selection.PNG(270KB)
--------select_in_visualize.PNG(1021KB)
--------multiselect.gif(16.21MB)
--------run_in_GUI.PNG(98KB)
--------colorbar.PNG(12KB)
--------visualize.PNG(778KB)
--------binary.png(959KB)
--------reg_metrics.png(526KB)
--------phasecorr.png(300KB)
--------manual_curation.PNG(155KB)
--------multi_select.PNG(121KB)
----docs()
--------Makefile(584B)
--------source()
----jupyter()
--------make_ops.ipynb(2KB)
--------run_pipeline_tiffs_or_batch.ipynb(8KB)
--------multiple_functional_channels.ipynb(8KB)
--------separate_multichannel_expt.ipynb(229KB)
--------test_tiff_loader.ipynb(44KB)
----environment.yml(336B)
----LICENSE(32KB)
----setup.py(942B)
----.gitignore(774B)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----README.md(14KB)
----suite2p()
--------myutils2.py(2KB)
--------visualize.py(20KB)
--------reggui.py(42KB)
--------logo()
--------register.py(28KB)
--------gui.py(37KB)
--------utils.py(30KB)
--------regmetrics.py(9KB)
--------gpu_utils.py(1KB)
--------classifier.py(3KB)
--------sourcery.py(18KB)
--------chan2detect.py(3KB)
--------nonrigid.py(15KB)
--------classgui.py(11KB)
--------classifiers()
--------fig.py(29KB)
--------__main__.py(795B)
--------run_s2p.py(13KB)
--------roiextract.py(11KB)
--------__init__.py(260B)
--------ops()
--------gui2p.py(59KB)
--------dcnv.py(2KB)
--------LoadBinary.py(275B)
--------merge.py(5KB)
--------sparsedetect.py(18KB)
----helpers()
--------nFramesTiff.m(109B)
--------mesoscope_json_from_scanimage.m(3KB)
--------loadFramesBuff.m(4KB)
--------make_json_config.m(2KB)