文件名称：sra-comparator：一个比较各种短读对齐器的项目
文件大小：7KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-06 23:20:28
Shell
短读对齐 耐克·帕特尔 方法 该项目将探索Martin和Wang [3]描述的各种剪接感知的短读比对仪。 对齐器为STAR，TopHat，GSNAP，SpliceMap和MapSplice。 因为我们正在比较比对仪，所以将采用基于参考的策略进行转录组装配。 这五个对齐器以BAM或SAM格式输出，使其成为比较的理想选择。 该项目在使用i7处理器上的8核Linux环境中进行。 在此存储库中运行脚本之前，请考虑您正在使用的基因组的大小。 样本数据 该项目的测试涉及使用FASTQ文件形式的papida Aiptasia阅读。 QC测序运行用于产生少量读数。 该项目的输入应该是一个文件夹，该文件夹指示代表运行的FASTQ文件所在的位置。 此文件夹还应包含参考基因组，其可以是.fna格式。 为了进行初始测试，我将该文件夹定义为： ../AiptasiaReads 在此文件夹中，有50个FASTQ
【文件预览】：
sra-comparator-master
----.gitignore(59B)
----starGenomeIndex.sh(394B)
----README.md(5KB)
----assemblyStats.sh(145B)
----mergeBam.sh(97B)
----star()
--------starGenomeIndex.sh(394B)
--------starAlign.sh(495B)
----assemble_transcriptome.sh(225B)
----starAlign.sh(495B)
----trim.sh(1KB)
----samTools.sh(618B)