文件名称：bwa:用于短读对齐的Burrow-Wheeler对齐器（有关长读对齐，请参见minimap2）
文件大小：269KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 05:30:32
bioinformatics genomics sequence-alignment fm-index C
注意： 已将BWA-MEM替换为PacBio和Nanopore读取比对。 它保留了BWA-MEM的所有主要功能，但速度却快了50倍左右，用途更广，更准确，并且产生了更好的碱基水平比对。 beta版已发布，可用于短读映射。 BWA-MEM2的速度大约是BWA-MEM的两倍，并且输出结果几乎相同。 入门 git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa; make ./bwa index ref.fa ./bwa mem ref.fa read-se.fq.gz | gzip -3 > aln-se.sam.gz ./bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq | gzip -3 > aln-pe.sam.gz 介绍 BWA是一个软件包，用于将DNA序列针对大型参考基因组（例如人类基因组）进行定位。 它由三种算法组成：BWA回
【文件预览】：
bwa-master
----kbtree.h(16KB)
----fastmap.c(20KB)
----bwape.c(29KB)
----rle.c(5KB)
----malloc_wrap.h(1KB)
----bwt_gen.c(53KB)
----bntseq.h(3KB)
----kseq.h(9KB)
----khash.h(20KB)
----utils.c(7KB)
----bntseq.c(14KB)
----kstring.c(703B)
----bwamem_extra.c(6KB)
----ksort.h(9KB)
----bwtaln.h(4KB)
----COPYING(34KB)
----bwtgap.c(9KB)
----example.c(2KB)
----code_of_conduct.md(1KB)
----NEWS.md(39KB)
----bwa.c(15KB)
----bwamem.c(48KB)
----rle.h(2KB)
----bwtsw2_chain.c(3KB)
----QSufSort.c(12KB)
----bwa.h(3KB)
----bwtsw2_aux.c(24KB)
----bwakit()
--------run-gen-ref(2KB)
--------run-bwamem(7KB)
--------typeHLA-selctg.js(2KB)
--------bwa-postalt.js(18KB)
--------README.md(6KB)
--------run-HLA(411B)
--------typeHLA.js(16KB)
--------typeHLA.sh(1KB)
----malloc_wrap.c(1KB)
----bwtsw2_core.c(19KB)
----bwt_lite.h(653B)
----bwamem_pair.c(18KB)
----bwt.c(15KB)
----bwase.h(1KB)
----kvec.h(3KB)
----bwashm.c(6KB)
----bwtindex.c(10KB)
----bwa.1(27KB)
----bamlite.h(3KB)
----.travis.yml(53B)
----kstring.h(2KB)
----rope.c(9KB)
----README-alt.md(9KB)
----bwt_lite.c(3KB)
----bwaseqio.c(7KB)
----kopen.c(9KB)
----maxk.c(2KB)
----pemerge.c(9KB)
----README.md(9KB)
----qualfa2fq.pl(617B)
----bwt.h(5KB)
----Makefile(3KB)
----ksw.h(5KB)
----xa2multi.pl(731B)
----utils.h(4KB)
----bwtsw2_main.c(4KB)
----bwamem.h(9KB)
----ksw.c(26KB)
----bwtsw2_pair.c(10KB)
----.gitignore(55B)
----kthread.c(4KB)
----bwtgap.h(996B)
----bwtsw2.h(1KB)
----bamlite.c(6KB)
----bwtaln.c(11KB)
----QSufSort.h(2KB)
----bwase.c(19KB)
----rope.h(2KB)
----ChangeLog(123KB)
----is.c(7KB)
----main.c(6KB)