文件名称：crpipe:基于Ruffus的生物信息学管道
文件大小：2.39MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 17:34:07
Python
基于生物信息学管道 作者：伯尼·波普（ ） Crpipe是基于库编写的生物信息学管道。 其功能包括： 使用DRMAA在群集上提交作业（当前仅使用SLURM测试）。 作业依赖关系计算和检查点。 管道可以显示为流程图。 重新运行管道将从最新阶段开始。 它不会重做以前完成的任务。 执照 3条款BSD许可。 请参阅源存储库中的LICENSE.txt。 安装 外部依赖 crpipe取决于以下程序和库： （版本2.7.5） 用于将作业提交到集群的 （它使用Python包装器执行此操作）。 您需要为本地作业提交系统安装自己的libdrama.so 。 有一些通用调度程序可用的版本，例如Torque / PBS， 等。 （版本0.10.1） 版本1.1） 用于将读数与参考基因组比对（版本0.7.12） 用于排序bam文件（0.5.4版）。 调用结构变体（0.2.11版） 用
【文件预览】：
crpipe-master
----MANIFEST.in(19B)
----example()
--------sample1()
--------pipeline.config(2KB)
----src()
--------main.py(2KB)
--------runner.py(4KB)
--------utils.py(228B)
--------logger.py(521B)
--------pipeline.py(13KB)
--------state.py(415B)
--------__init__.py(0B)
--------stages.py(12KB)
--------config.py(3KB)
--------version.py(348B)
----setup.py(704B)
----.gitignore(207B)
----README.md(7KB)
----LICENSE.txt(1KB)