【文件属性】:
文件名称:crpipe:基于Ruffus的生物信息学管道
文件大小:2.39MB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-29 23:47:27
Python
基于生物信息学管道
作者:伯尼·波普( )
Crpipe是基于库编写的生物信息学管道。 其功能包括:
使用DRMAA在群集上提交作业(当前仅使用SLURM测试)。
作业依赖关系计算和检查点。
管道可以显示为流程图。
重新运行管道将从最新阶段开始。 它不会重做以前完成的任务。
执照
3条款BSD许可。 请参阅源存储库中的LICENSE.txt。
安装
外部依赖
crpipe取决于以下程序和库:
(版本2.7.5)
用于将作业提交到集群的 (它使用Python包装器执行此操作)。 您需要为本地作业提交系统安装自己的libdrama.so 。 有一些通用调度程序可用的版本,例如Torque / PBS, 等。
(版本0.10.1)
版本1.1)
用于将读数与参考基因组比对(版本0.7.12)
用于排序bam文件(0.5.4版)。
调用结构变体(0.2.11版)
用
【文件预览】:
crpipe-master
----MANIFEST.in(19B)
----example()
--------sample1()
--------pipeline.config(2KB)
----src()
--------main.py(2KB)
--------runner.py(4KB)
--------utils.py(228B)
--------logger.py(521B)
--------pipeline.py(13KB)
--------state.py(415B)
--------__init__.py(0B)
--------stages.py(12KB)
--------config.py(3KB)
--------version.py(348B)
----setup.py(704B)
----.gitignore(207B)
----README.md(7KB)
----LICENSE.txt(1KB)