文件名称：UCE_phyluce_pipeline:UCE生物信息学管道
文件大小：351KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-14 22:28:58
Shell
注意：此存储库最初是由Wilson X Guillory 创建的。 Connor French，Morgan Muell，Evan Twomey和BreAnn Geralds也已经审核并优化了该管道的某些部分。 brownlab工作流程 这是Brown实验室使用的系统植物学工作流程的教程，在这里我们使用揭示进化历史，主要是在新热带毒蛙（Dendrobatidae）中。 在本教程中，我将提供示例数据，并带您完成读取处理，序列组装，基因座匹配的读取和序列比对的步骤，最后提供一些可以对UCE数据进行的系统发育分析的示例。 内容 目录结构和示例文件 在本教程中，我将使用Linux机器（名为Bender）执行所有步骤。 我们首先需要创建一个目录来放入示例数据。 在我的示例中，我将在Linux命令行（终端）上使用Bash命令，但是许多平凡的命令（切换目录，移动文件，创建目录）也可以简单地使用桌面界面来
【文件预览】：
UCE_phyluce_pipeline-master
----_config.yml(25B)
----example-files()
--------readme.md(36B)
--------UCE_cleanup.xlsx(53KB)
--------illumiprocessor.conf(1KB)
--------assembly.conf(756B)
--------taxa.txt(154B)
--------pars_inform.R(2KB)
--------sp_map.txt(195B)
--------uce-5k-probes.fasta(1.04MB)
----twomey_scripts()
--------angsd_Dofasta4_iupac0.2_minDepth_2.sh(285B)
--------muscle_loop.sh(67B)
--------bams_loopBWA-MEM-UCE.sh(655B)
--------emboss_UCE_consensus_loop.sh(164B)
--------seqret_loop.sh(272B)
--------fromEvan.txt(4KB)
----other_files()
--------correct_SWSCEN_for_IQTREE.sh(863B)
--------readme.md(24B)
--------correct_phyluce_partitions_for_SWSCEN.sh(2KB)
----README.md(111KB)