ruffus:CGAT-ruffus是用于运行计算管道的轻量级python模块

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文件名称：ruffus:CGAT-ruffus是用于运行计算管道的轻量级python模块
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更新时间：2021-05-13 13:29:46
Python CGAT-ruffus 概述 ruffus模块是一种轻量级的方式，可以增加对运行计算管道的支持。 计算管道从概念上讲通常很简单，尤其是当我们将流程分解为简单的阶段或单独的任务时。 计算管道中的每个阶段或任务都由一个python函数表示。每个python函数可以并行调用以运行多个作业。 Ruffus最初设计用于生物信息学，以分析多个基因组数据集。 最近，我们扩展了CGAT-ruffus的功能，以包括集群集成（当前支持SGE，SLURM和PBS-pro / Torque），参数化，日志记录，数据库集成和conda环境切换。 代码和。 文献资料 Ruffus文档可在找到，并附带和。 但是，为了充分利用此工作流管理系统的功能，我们建议使用 （）。 背景 管道的目的是自动确定多阶段流程的哪些部分需要运行以及以什么顺序运行才能达到目标（“目标”） 计算管道，特别是用于分析大型科学数据集的管