文件名称：Assembly-Dereplicator:用于从一组程序集中删除冗余基因组的工具
文件大小：241KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-30 11:51:30
Python
程序集去复制器 Ryan R.Wick 1和Kathryn E.Holt 1,2 1.莫纳什大学*临床学院传染病系，澳大利亚维多利亚州墨尔本3004 2.英国伦敦卫生与热带医学学院，伦敦WC1E 7HT，英国 目录 介绍 此存储库包含一个独立的Python脚本（ ），用于解决我偶尔遇到的一个问题：重复复制一组细菌基因组程序集。 去复制意味着删除具有足够近亲（由距离阈值定义）的组件，从而在组件更独特的情况下得到较小的集合。 例如，假设您有一个特定分类单元的10000个基因组装配体，并且想要对其进行一些分析，也许是构建一个泛基因组。 您知道这组中存在冗余，因为某些基因组来自暴发并且彼此几乎相同。 因此，您可以对所有10000个程序集进行分析，而无需将它们重复复制到较小的集合中（例如，删除几乎相同的冗余基因组），这样您的分析将更快。 要求 您需要Python 3.5或更高版本才能运行der
【文件预览】：
Assembly-Dereplicator-master
----.travis.yml(238B)
----.coveragerc(20B)
----images()
--------trees.png(44KB)
----test()
--------compression()
--------test_dereplicator.py(6KB)
--------other()
--------README.md(496B)
--------assemblies()
----LICENSE(34KB)
----dereplicator.py(15KB)
----.gitignore(1KB)
----README.md(8KB)