文件名称：tophat_cufflinks_rnaseq:RNA-Seq 分析流水线
文件大小：6.88MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-28 18:53:11
C++
这个应用程序捆绑了 Bowtie2、Tophat2 和 Cufflinks 来映射 RNA-Seq 读数和量化表达。 这会产生一个包含所有映射读取的和一个包含以 FPKM 值表示的每个基因表达水平的表（每百万映射读取的转录本每千碱基片段）。 袖扣程序的完整输出也输出为 tar 文件，其中还包括每个异构体级别的表达。 该管道不支持新基因或异构体的发现。 读取将仅映射到在输入基因对象中找到的转录本。 这对应于使用“-G”和“--transcriptome-index”选项运行Tophat。 虽然这些选项将始终传递给 Tophat，但应用程序接受修改 Tophat 和 Cufflinks 步骤的进一步选项。 可以在此处找到有关基础程序的源代码和信息的链接： 输入 输入是一个 Reads 类型的 gtables 数组，其中包含 RNA-seq 读数。 这些可以通过运行 Reads Import