【文件属性】：
文件名称：MD-Simulation:用于获取蛋白质和肽分子结构，将肽对接到蛋白质中并在大量轨迹上进行分子动力学模拟的通用工作流程
文件大小：6.13MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-28 14:53:08
R
MD模拟
该存储库包含用于肽-蛋白质对接过程的代码库（“对接”文件夹）和用于使用Amber程序套件（“模拟”文件夹）运行50纳秒分子动力学仿真的代码库。 同样在这里，我们还完整描述了正确设置和执行仿真所需的各个步骤。
分子建模模拟包括2个模型。 第一个模型使用了乳链菌肽突变体的残基22-34的构型，其中残基29是丝氨酸并且在结构上对齐，使得残基22-34适合于NSR分子的隧道区域。 仅在这次残基29已突变为脯氨酸时，第二种模型也被比对以适合NSR酶的隧道区域。
创建NSR-Nisin pdb文件
要为NSR-Nisin复合体创建pdb文件，需要对NSR和Nisin的单个文件进行处理。 像这样使用R包bio3d可以很容易地满足这个要求
> install.packages("bio3d")
> library(bio3d)
> # This code fetches the NSR pdb
【文件预览】：
MD-Simulation-master
----Simulation()
--------trajfiles.proval.ptraj(502B)
--------heat.in(284B)
--------prod.in(279B)
--------equib4.in(272B)
--------DBB.cif(5KB)
--------prodser1ns1.in(221B)
--------equib5.in(272B)
--------equib2.in(272B)
--------trajfiles.rmstime50.ptraj(1KB)
--------dbb.mc(111B)
--------hbondtraj.ptraj(2KB)
--------extra.frcmod(1KB)
--------trajfiles.rmsdpv.ptraj(540B)
--------dha.mc(111B)
--------trajfiles.rmsdpvtime.ptraj(474B)
--------README.md(2KB)
--------DHA.cif(5KB)
--------nisinmol7.pdb(10KB)
--------equib6.in(272B)
--------trajfiles.rmsd.ptraj(1KB)
--------equib.in(272B)
--------trajfiles.rmsd50.ptraj(1KB)
--------equib3.in(272B)
--------min.in(232B)
--------trajfiles.atom2.ptraj(1KB)
--------min2.in(233B)
--------equib7.in(270B)
----Docking()
--------4Y68_A.pdb(222KB)
--------1wco_N.pdb(15KB)
--------nisnPROVAL.pdb(9KB)
--------2012_ADTtut.pdf(953KB)
--------config.txt(177B)
--------034-chimera_vina.pdf(4.21MB)
--------README.md(2KB)
----READMEFIRST.md(2KB)
----README.md(32KB)
----MolecularModelling.pdf(187KB)
----Rcode()
--------SER236OtoCYS28Cnyl50(1.43MB)
--------rmsd.R(4KB)
--------FINAL_DECOMP_MMPBSAser50.xlsx(21KB)
--------FINAL_DECOMP_MMPBSA50PROVAL.xlsx(21KB)
--------All.UU.avg.all10proval.dat(193KB)
--------SER236OtoCYS28Cnylproval50(1.72MB)
--------hbondprovalsnisinPROVAL2(18KB)
--------distance.R(2KB)
--------rmsdnisinovertime(1.05MB)
--------README.md(3KB)
--------Bindingenergy.R(3KB)
--------rmsdpvovertime(1.05MB)
--------All.UU.avg.all49ser.dat(207KB)
--------hbonds.R(3KB)