【文件属性】：
文件名称：pipeline-structural-variation:牛津大学纳米Kong数据测序全基因组结构变异的研究管道
文件大小：6.25MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-04 02:22:43
nanopore whole-genome-sequencing structural-variation long-reads Python
管道结构变化
概述
pipeline-structural-variation是用于调用从牛津纳米Kong测序平台获得的全基因组测序数据的结构变异的管道。 它接受FASTQ文件，并输出对齐的读取和已过滤的SV调用。
特征
管道执行以下步骤：
地图使用LRA读取
使用NanoPlot生成质量控制报告[可选]
根据读取深度估算变量调用的适当参数
使用cuteSV调用变体
按最小/最大长度，读取支持或类型（例如，插入，删除等）过滤变体
入门
要求
在运行之前，必须先安装以下软件包：
请参阅安装。
安装
在安装miniconda3（请参见上文）之后，请按照以下步骤安装管道：
# Get pipeline
$ wget -O pipeline-structural-variation.tar.gz https://github.com/nanoporetech/pipeline-struct
【文件预览】：
pipeline-structural-variation-master
----.gitignore(203B)
----env.yml(273B)
----README.md(13KB)
----COPYRIGHT(45B)
----.bumpversion.cfg(185B)
----LICENSE.md(15KB)
----wrappers()
--------filter()
----config.yml(841B)
----Snakefile(8KB)
----ONT_logo.png(35KB)
----VERSION(5B)
----data()
--------test_reference()
--------hg002_simple_test_chr12_44420446_44421533()
--------bam_folder()
----CHANGELOG(64B)