【文件属性】：
文件名称：scRNA-seq-pipelines:“单细胞RNA-Seq分析管道的系统评价”纲要
文件大小：47.11MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-10 22:11:39
HTML
scRNA-seq-管道
该存储库是Vieth等人的“单细胞RNA-Seq分析管道的系统评估”的纲要。 2019年，发表在《。 上还有一个版本。
存储库中的所有代码均根据GPL-3许可进行分发。
有关如何使用功率分析工具powsimR的示例，请参阅 。
对此存储库中的代码有任何疑问或问题，请使用“问题”标签。
入门
您将在下面找到该分析的简要概述。 请参考相应的文件夹以获取详细信息。
依存关系
您将需要以下软件：
samtools 1.9版
BWA版本0.7.12
卡拉利斯托0.43.1
zUMIs 2.4.5
powsimR（请参阅模拟文件夹中的预打包版本）
数据采集
scRNA-seq数据集
模拟的主要输入是scRNA-seq实验。 可以从下载fastq文件。 将cDNA读段切成45 bp的长度，然后将每个读段随机下采样至100万个读段以进行比较。 此外，还下载了来自的H
【文件预览】：
scRNA-seq-pipelines-master
----.gitignore(40B)
----alignment()
--------mapping.Rmd(6KB)
--------run_kallisto_summarise.R(10KB)
--------run_transcriptome_umicounts.R(6KB)
--------run_kallisto_counts.R(4KB)
--------run_transcriptome_summarise.R(9KB)
--------example_scrbseq.yaml(917B)
--------run_transcriptome_counts.R(6KB)
--------example-data()
--------mapping.md(6KB)
----simulation()
--------Smartseq2.rds(119KB)
--------simulation.html(942KB)
--------simulation.md(10KB)
--------SCRBseq.rds(269KB)
--------powsimR_1.5.0.tar.gz(8.5MB)
--------simulation.Rmd(2KB)
--------simulation_files()
----README.md(3KB)
----README.Rmd(3KB)
----scRNA-seq-pipelines.Rproj(205B)
----annotation()
--------annotation.Rmd(4KB)
--------ercc()
--------annotation.md(4KB)
----plotting()
--------colour_schemes_paper.R(4KB)
--------renaming_paper.R(4KB)
--------Figure3.R(48KB)
--------Figure5.R(32KB)
--------Figure2.R(32KB)
--------README.md(552B)
--------README.Rmd(693B)
--------Figure4.R(25KB)