文件名称：scRNASeq:CCBR单细胞RNA-Seq管道的存储库
文件大小：80KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 23:20:43
R
核糖核酸序列 CCBR单细胞RNA-Seq管道的存储库 这是scRNASeq管道的实时CCBR Pipeliner实现的镜像存储库。 可以从这里克隆CCBR Pipeliner：github.com/CCBR/Pipeliner 该信息库当前包含R脚本，这些脚本可生成初始和QC报告，主成分可视化，聚类，基因列表和tSNE图。 这些图形和文件的工作流程分为三个单独的Rmarkdown脚本，每个脚本均呈现html报告。 当前，最初的qc报告详细介绍了有关异常细胞和被过滤掉的低表达基因的信息。 它还提供了主要组件的可视化效果，然后可以用来确定要用于群集的PC数量。 数据处理和过滤是使用scater软件包完成的。 细胞周期阶段分析是在最初的报告中使用SCRAN旋风分离器完成的。 然后将数据导入到Seurat中，以进行主成分分析和PC可视化。 初始报告中的PC可视化采用以下形式：由VizPC
【文件预览】：
scRNASeq-master
----scrnaseq.snakefile(11KB)
----scrna_jackstraw_call.R(385B)
----scrna_multicluster.Rmd(4KB)
----scrna_initial.Rmd(25KB)
----scrna_jackstraw.Rmd(1KB)
----scrna_multicluster_call.R(471B)
----scrna_initial_call.R(457B)
----README.md(3KB)
----CustomSeuratFunctions.R(1KB)
----scrna_cluster_call.R(474B)
----scrna_cluster.Rmd(5KB)
----scrna_cca.Rmd(4KB)
----.gitignore(21B)
----scrna_cca_call.R(473B)
----scrnaseq_flowchart.png(68KB)