【文件属性】：
文件名称：scATAC_snakemake:用于板scATAC-seq处理的Snakemake管道
文件大小：1.02MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-12 08:14:22
HTML
Snakemake管道可处理基于板的scATAC-seq数据
该存储库包含用于处理通过生成的scATAC-seq数据的代码。
与原始Nat相比有什么区别。 通讯出版物？
在此管道中，我们具有：
添加了config.json文件，以使处理更加灵活且易于修改。
BED文件用于MACS2峰调用。 请参阅以了解原因。
在最终的outs目录中生成了10x Genomics如输出文件），因此可以轻松地将它们放入这样的下游分析包中。 请参阅下面的更多细节。
如何使用？
1.获取所有必需的软件/软件包
使用conda或pip安装以下软件包，或直接从网站下载预编译的二进制文件：
python3
snakemake 5.3.0
numpy v1.18.5
scipy v1.5.0
pandas v1.0.5
hisat2 v2.1.0
samtools v1.9
bedtools v2.27.1
f
【文件预览】：
scATAC_snakemake-master
----scripts()
--------get_ufrags_mt.sh(731B)
--------get_frac_open.sh(504B)
--------generate_fragments_file.sh(309B)
--------get_depth_mr.sh(564B)
--------list_bam.sh(248B)
--------collect_metadata.py(222B)
--------get_dup_level.sh(313B)
--------get_frip.sh(486B)
--------generate_count_csc_mtx.py(1KB)
--------get_lib_size.sh(325B)
----submit_snake.sh(165B)
----cluster.json(236B)
----old_obsolete()
--------ATAC_seq_read_length_curve_fitting.ipynb(235KB)
--------Snakefile_basespace(4KB)
--------cluster.json(854B)
--------run.sh(158B)
--------Th2_time_series_ATACseq_2d_PCA.ipynb(35KB)
--------README.md(113B)
--------frag_distr.py(1KB)
--------Snakefile_ena(2KB)
----config.json(488B)
----README.md(10KB)
----Snakefile(12KB)
----.gitignore(42B)
----compare_to_10x()
--------10x_NextGEM_20210115_seurat_v2.nb.html(790KB)
--------10x_v1_20210115_seurat_v2.nb.html(790KB)
--------README.md(3KB)
--------plate_downsample()
--------10x_v1()
--------plate_ds_20210118_seurat.nb.html(793KB)
--------10x_NextGEM()