文件名称：管道GBS：Snakemake GBS管道
文件大小：72KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-19 22:26:30
Perl
管道GBS 基于GBS-SNP-Crop的snakemake管道得到进一步扩展。 配置 管道参数配置在文件中进行 GBS-pipeline_config.yaml （这里有一个示例： GBS-pipeline_config-example.yaml ） 此外，此处定义了对计算集群重要的设置： GBS-pipeline_server-config.yaml （例如： GBS-pipeline_puhti-config.yaml ） 启动管道 在开始管道之前，请确保已创建此文件中定义的相应的conda环境。 GBS.yaml 创建环境后，就可以开始使用了。 要启动管道，只需键入 bash runGBSPipeline-example.sh 您可以通过运行启动空运行 bash runGBSPipeline-example.sh -np 当前状态 该管道目前正在积极开发中，可能无法
【文件预览】：
Pipeline-GBS-main
----makeClean.sh(156B)
----GBS-pipeline_server-config.yaml(7KB)
----CHANGELOG(1KB)
----GBS-pipeline.smk(7KB)
----GBS.yaml(420B)
----GBS-pipeline_config.yaml(6KB)
----schemas()
--------config.schemas.yaml(2KB)
----adapter.fa(28B)
----Pipeline-GBS.Rproj(205B)
----rules()
--------Module2-DataPreprocessing(5KB)
--------Module5-CallVariants(21KB)
--------Module4-ReadAlignment(12KB)
--------Module1-QC(10KB)
--------Module6-PostProcessing(5KB)
--------envs()
--------Module3-MockReference(9KB)
--------Module7-Reporting(2KB)
--------Module0-PreparationsAndIndexing(5KB)
----.gitignore(40B)
----runGBSPipeline-example.sh(3KB)
----README.md(864B)
----scripts()
--------sampleFastq.sh(1KB)
--------GBS-SNP-CROP-7.pl(26KB)
--------GBS-SNP-CROP-6_1.pl(6KB)
--------mpileupToBed.sh(153B)
--------workflow-report.Rmd(51KB)
--------GBS-SNP-CROP-4.pl(16KB)
--------GBS-SNP-CROP-6_2.pl(4KB)
--------getQualDist.sh(107B)
--------ADDTHISLATER.sh(794B)
--------GBS-SNP-CROP-9.pl(7KB)
--------GBS-SNP-CROP-8.pl(13KB)
--------samtoolsBedcovToCov.sh(62B)
--------getFastaFromVCF.sh(252B)
--------GBS-SNP-CROP-6.pl(14KB)
--------unused()