文件名称：hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源
文件大小：13.43MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-18 13:30:50
开源软件
hppRNA包专用于从头到尾同时对大量样本进行RNA-Seq分析，在Snakemake管道管理系统中制定。 它从fastq文件开始，结合最先进的软件，将生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇以及SNP和融合基因的检测。 第一个版本处理蛋白质编码基因、lncRNA 和 circRNA，包括六个核心工作流程，例如 (1) Tophat - Cufflink - Cuffdiff； (2) Subread - featureCounts - DESeq2； (3) STAR-RSEM-EBSeq； (4) 领结-eXpress-edgeR； (5) kallisto - 侦探； (6) HISAT - StringTie - Ballgown。 使用本包时请引用以下论文：王大鹏。 hppRNA——一种基于 Snakemake 的方便的无参数管道，用于对大量样本进行 RNA-Seq 分析。 生物信息学简报，第 19 卷，第 4 期，2018 年 7 月 20 日，第 622-626 页。