文件名称：生物信息学工具：用于生物信息学和基因组学研究的有用算法和脚本的集合
文件大小：27KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-05 04:02:08
Python
生物信息学工具 为生物信息学和遗传学研究编写的有用算法和脚本的集合。 要求 Python 3.7以上 目录 结盟 为核苷酸和氨基酸序列找到最佳局部或全局比对的程序。 global_align.py 比对两个核苷酸序列的Needleman-Wunsch算法。 用法 global_align.py [fasta] -m [match] -s [mis] -d [indel] 必填参数 fasta：包含用于比对的序列数据的文件，用“>”表示 -m / --match：每次比赛的比对得分 -s / --mismatch：每次不匹配的罚款 -d / --indel：每次插入或删除的惩罚 可选参数 -a：输出对齐 global_align_aa.py 比对两个氨基酸序列的Needleman-Wunsch算法。 使用BLOSUM62评分矩阵评分。 用法 global_align_aa.py [
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bioinformatics-tools-master
----.gitignore(2KB)
----hidden_markov_model()
--------hmm.py(11KB)
----rna_seqtools()
--------quality_control.py(3KB)
--------quantify_exp.py(2KB)
----alignment()
--------local_align.py(6KB)
--------global_align_aa.py(8KB)
--------local_align_aa.py(8KB)
--------global_align.py(6KB)
----pattern_matching()
--------aho-corasick.py(8KB)
----file_tools()
--------parse_fasta.py(1KB)
--------parse_fastq.py(2KB)
----README.md(9KB)
----seq_tools()
--------orf_finder.py(3KB)
--------dna_map.py(4KB)
--------gene_finder.py(6KB)