文件名称：bionim:生物信息学的有用算法和数据结构的集合
文件大小：124KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-24 10:04:50
bioinformatics nim smith-waterman needleman-wunsch phylogenetic-trees
比奥尼姆 该软件包试图提供生物信息学不同子领域所需的许多最有用的数据结构和算法。 在达到1.0.0版之前，大多数算法的api都相当不稳定，在接下来的几个月中，这个软件包还会增长很多 安装方式 需要在系统上安装Nim。 参见 建议使用灵活的软件包管理器进行安装： nimble install bionim 测验 要运行测试只是运行nimble test中bionim目录 文件类型 Fasta路线，这些是具有附加约束的fasta文件，要求所有序列的长度必须相同 普通Fasta文件 当前实施的算法和数据结构 结盟 在基于基因组和蛋白质的序列比对中有用的算法和数据结构。 演算法 用于全局对齐的基本算法 用于局部对齐的基本算法。 系统发育学 从比对序列构建系统发育树的Fitch算法。 集会 DeBruijn图的构建和渲染 双端DeBruijn Grap的构建和渲染 文献资料 所有算法和数据
【文件预览】：
bionim-main
----.github()
--------workflows()
----src()
--------bionim()
--------bionim.nim(107B)
----img()
--------example.png(12KB)
----README.md(3KB)
----bionim.nimble(331B)
----tests()
--------test_deBruijn.nim(2KB)
--------tneedlemanWunsch(300KB)
--------nim.cfg(17B)
--------test_utils.nim(223B)
--------tneedlemanWunsch.nim(2KB)
----.gitignore(109B)