文件名称：genomics:与基因组学和生物信息学有关的脚本和注释的集合
文件大小：106KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-26 04:39:48
science workflow bioinformatics nanopore genomics
计算基因组学资源 内容： notes ：笔记和简单的计算任务 workflows ：多步骤协议 scripts ：用于特定任务的完整脚本 scripts-bigpurple和scripts-phoenix ：针对特定集群优化的脚本（包括对数据和系统变量的引用） 相关资料库： ：来自sns管道的脚本 ：教程
【文件预览】：
genomics-master
----.gitignore(1KB)
----functions-r()
--------plotPCAWithSampleNames.R(2KB)
----notes()
--------rna-seq.md(3KB)
--------files-fasta.md(1KB)
--------files-gtf.md(841B)
--------r.md(4KB)
--------single-cell-rna-seq.md(828B)
--------files-vcf.md(275B)
--------files-fastq.md(411B)
--------heatmaps.md(6KB)
--------pathways.md(1KB)
--------rna-seq-strand.md(2KB)
--------converting-files.md(1KB)
--------files-chrom-sizes.md(216B)
----scripts-bigpurple()
--------assembly-10x-supernova.sh(4KB)
--------scrna-10x-cellranger-aggr.sh(2KB)
--------scrna-10x-cellranger-count.sh(3KB)
--------cnvs-wgs-freec.sh(11KB)
--------scrna-10x-cellranger-count-features.sh(4KB)
----scripts()
--------snvs-cnvs-mutect-strelka-freec-pyclone.R(12KB)
--------scrna-decontaminate-soupx.R(4KB)
--------csv-clean.sh(974B)
--------meth-minfi.R(8KB)
--------mut-mhc-binding.pl(15KB)
--------fastq-quality-bars.sh(2KB)
--------scrna-10x-seurat-3.R(92KB)
--------fastq-merge.pl(3KB)
--------cnv-freec-genome-plot.R(3KB)
--------scrna-10x-seurat-2.R(66KB)
--------gtf-remove-overlapping.pl(3KB)
--------cnv-freec-heatmap.R(2KB)
--------scrna-10x-seurat-1.R(35KB)
----README.md(502B)
----workflows()
--------rna-seq-diff-exp.md(1KB)
--------ref-genome-gfp.md(3KB)
--------draft-genome-init.md(9KB)
--------microarray.md(385B)
--------nanopore-init.md(5KB)
--------ref-genome-init.md(151B)
--------rrna-ref.md(3KB)
--------gatk-mouse-mm10.md(3KB)
----scripts-phoenix()
--------assembly-10x-supernova.sh(4KB)
--------scrna-10x-cellranger-aggr.sh(2KB)
--------scrna-10x-cellranger-count.sh(3KB)
--------join-all.sh(1KB)
--------bcl2fastq-sample-sheet-fix.sh(2KB)
--------wgs-10x-longranger.sh(3KB)