文件名称：matlabaic代码-mixer:GWAS摘要统计的因果混合模型
文件大小：26.05MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-08 21:44:47
系统开源
matlab aic代码内容 介绍 该文件夹包含MiXeR的Python端口，与我们之前在MATLAB中使用的C / C ++内核相同。 这项工作仍在进行中，但是最终它应该极大地改善用户体验，因为Python允许更简单的安装过程，减少了出错的python mixer.py --help ，允许实现有据可查的命令行界面（ python mixer.py --help ），以及提供可视化。 MiXeR的输入数据包括GWAS的摘要统计信息和参考面板。 用于摘要统计信息的MiXeR格式与LD分数回归（即sumstats.gz文件）兼容，对于那些已经熟悉munge_sumstats.py脚本的用户，我们建议使用LD分数回归管道来准备摘要统计信息。 同时，我们鼓励大家看看处理汇总统计信息。 对于参考面板，我们建议使用1000个Genomes Phase3数据，这些数据已根据LD分数回归管道进行了预处理，可以从LDSC网站下载。 在和部分中提供了更多详细信息。 一旦获得了与MiXeR兼容的格式的所有输入数据，就可以继续运行在mixer.py命令行界面中实现的单变量（ fit1 ， test1 ）和交