【文件属性】:
文件名称:gwas:GWAS 的一些有用代码
文件大小:20KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-06-30 13:17:37
Python
GWAS 的一些(希望有用)代码。 主要设计用于与 OXSTATGEN 套件配合使用。
要求:python、numpy、scipy
文件
在一些 PLINK 二进制数据上计算实现的相关矩阵。 有关详细信息,请参阅本文的方法部分:
Usage: python rrm.py [-h] [-snps snps] [-out out] [--ibs out] plinkfile
内存文件
使用(例如)中描述的方法执行全基因组关联测试:
usage: python lmem.py [-h] [-genfile genfile] [-header nrows]
[-covariates covariates] [-weights weights]
[-linebuffer linebuffer] [--uncorrected uncorrected]
【文件预览】:
gwas-master
----README.md(1KB)
----lmem_func.py(4KB)
----iolib.py(46KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----rrm.py(2KB)
----lmem.py(5KB)
----impute2-wrapper.py(7KB)