文件名称：matlab中存档算法代码-fastAlign:快速进行蛋白质-蛋白质相互作用网络全局比对的方法
文件大小：231KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 17:00:26
系统开源
matlab中存档算法代码该目录包含所用程序的源代码。 例子/ 一个带有mat3_greedy运行示例的目录； 只需运行example.m。 所需的数据文件和脚本分别包含在data /和code /中。 请注意，我们的大部分实验还解析了iso_greedy，iso_hungarian和mat3_auction输出，将结果保存在所提供数据集档案的不同文件夹中的文件中，并遍历所有网络对； 有关此类示例，请参见matlab / bio.m。 Matlab的/ 本文数值计算中使用的MATLAB文件。 来自netalign项目的其他代码可以包含在搜索路径中。 对于IsoRank计算，使用本机二进制文件。 还要查看其文档部分。 MAT3_rank.m给定两个输入网络的邻接矩阵，alpha，迭代次数和首选项矩阵，计算相似性矩阵。 greedy_match.m给定一对输入网络的相似矩阵，计算匹配矩阵M（如果节点i与节点j匹配，则M_ij = 1）。 align.m还根据给定的两个邻接矩阵和匹配度来计算两个网络的对准图。 bio_components.m在一对输入网络的对齐图中计算并输出（强连接）组件。
【文件预览】：
fastAlign-master
----example()
--------data()
--------example.m(2KB)
--------code()
----auction()
--------generate.sh(113B)
--------generateRandMat.f90(6KB)
--------floauction.h(3KB)
--------floauction.c(31KB)
----matlab()
--------scomponents.m(2KB)
--------normout.m(466B)
--------MAT3_rank.m(3KB)
--------greedy_match.m(1KB)
--------csum.m(1KB)
--------sparse_to_csr.m(1013B)
--------align.m(1KB)
--------bio_components.m(2KB)
--------tab_read.m(2KB)
--------count_overlap.m(3KB)
--------bio.m(14KB)
--------dmat_write.m(694B)
----README.md(2KB)