文件名称：deepblast:蛋白质序列比对的神经网络
文件大小：56.02MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-29 12:54:42
protein-structure language-modeling protein neural-networks protein-sequences
DeepBLAST 仅从序列中学习蛋白质结构相似性。 我们的预印本可以在找到 安装 DeepBLAST可以通过以下方式从pip安装 pip install deepblast 要从开发分支运行安装 pip install git+https://github.com/flatironinstitute/deepblast.git 下载预训练的模型和数据 预训练的DeepBLAST模型可以在下载。 可在找到用于预训练DeepBLAST的TM序列结构比对 请访问和网站以下载其数据集。 入门 我们有2个命令行脚本可用，即deepblast-train和deepblast-eval 。 预训练 deepblast-train以制表符分隔的格式接受带有列query_seq_id | key_seq_id | tm_score1 | tm_score2 | rmsd | sequence1 | s
【文件预览】：
deepblast-master
----.travis.yml(766B)
----data()
--------zf-C2H2.hmm(12KB)
--------tm_align_output_10k.tab(9.12MB)
--------tm_align_output_10k.ali(23.03MB)
----ci()
--------conda_requirements.yml(4KB)
----COPYING.txt(1KB)
----imgs()
--------example-alignment.png(44KB)
----setup.py(1KB)
----.gitignore(432B)
----deepblast()
--------constants.py(38B)
--------nw_cuda.py(9KB)
--------alignment.py(4KB)
--------utils.py(3KB)
--------pretrained_models()
--------tests()
--------language_model.py(8KB)
--------nw.py(12KB)
--------dataset()
--------losses.py(4KB)
--------__init__.py(0B)
--------trainer.py(16KB)
--------ops.py(2KB)
--------sim.py(2KB)
--------score.py(6KB)
--------embedding.py(4KB)
----Makefile(499B)
----README.md(6KB)
----scripts()
--------deepblast-train(2KB)
--------hmm-simulate(701B)
--------deepblast-search(2KB)
--------deepblast-evaluate(2KB)
----ipynb()
--------test_load_checkpoint.sh(565B)
--------struct-benchmark.ipynb(22KB)
--------simulation-benchmark.ipynb(48KB)