MetagenomeProcessing:测序后对元基因组进行组装,注释和分类的管道

时间:2024-03-22 19:09:20
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文件名称:MetagenomeProcessing:测序后对元基因组进行组装,注释和分类的管道

文件大小:12KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-03-22 19:09:20

Perl

处理元基因组测序读 测序过程后用于宏基因组读取的组装,注释和分类分类的管道。 指数 质量控制使用fastqc ,适配器调整使用cutadapt 。 使用MEGAHIT组装读数。 使用PROKKA进行基因预测和注释。 使用DIAMOND和eggNOG数据库的附加功能注释。 宏基因组读段的分类学分类。 初始文件 基本上,我们将从测序过程产生的最终读取文件开始。 我们将假设来自配对分析的每个元基因组都有两个文件: R1.fastq.gz R2.fastq.gz 依存关系 FastQC v0.11.8 cutadapt v2.3 MEGAHIT v1.1.3 宝卡v1.14.5 钻石v0.9.22.123 eggNOG-mapper v2和eggNOG数据库v5.0 KRAKEN2 v2.0.8 MaxBin v2.2.6 第1步:质量控制和修整 为了进行质量控制,我们将


【文件预览】:
MetagenomeProcessing-master
----README.rst(11KB)
----Scripts()
--------CombinePROKKAeggMapper.pl(4KB)
--------Diamond2eggMapper.pl(1KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(11KB)

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