文件名称：vcf2maf：将VCF转换为MAF，其中每个变体仅注释为所有可能的基因同工型之一
文件大小：3.53MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-26 08:47:05
perl vcf maf vep isoforms
vcf2maf：将VCF转换为MAF，其中每个变体仅注释为所有可能的基因同工型之一
【文件预览】：
vcf2maf-main
----.gitignore(113B)
----Dockerfile(1KB)
----vcf2vcf.pl(27KB)
----data()
--------known_somatic_sites.bed(16KB)
--------isoform_overrides_uniprot(828KB)
--------ensg_to_entrez_id_map_ensembl_feb2014.tsv(689KB)
--------NCBIM37_to_GRCm38.chain(142KB)
--------isoform_overrides_at_mskcc(17KB)
--------isoform_overrides_at_mskcc_grch38(17KB)
--------GRCm38_to_NCBIM37.chain(309KB)
--------hg38_to_GRCh38.chain(15KB)
--------GRCh37_to_hg38.chain(588KB)
--------isoform_overrides_mane_grch38(577KB)
--------hg19_to_hg38.chain(593KB)
--------GRCh38_to_GRCh37.chain(3.04MB)
--------GRCh37_to_GRCh38.chain(1000KB)
--------hg38_to_hg19.chain(3.73MB)
--------isoform_overrides_dmp_merged(14KB)
--------hg19_to_GRCh37.chain(7KB)
--------minimalist_test_maf.tsv(28KB)
----.travis.yml(538B)
----LICENSE(579B)
----maf2vcf.pl(20KB)
----README.md(5KB)
----tests()
--------test_output.vep_isoforms.maf(24KB)
--------maf2vcf.t(1012B)
--------test_radia.vcf(36KB)
--------test_varscan.vcf(77KB)
--------test_sniper.vcf(36KB)
--------maf2maf.t(2KB)
--------test_merged.vcf(125KB)
--------test_muse.vcf(43KB)
--------test.tsv(2KB)
--------test_grch38.vcf(2KB)
--------test_pindel.vcf(6KB)
--------test.vcf(2KB)
--------test_b38.vcf(2KB)
--------test_strelka.vcf(44KB)
--------vcf2maf.t(2KB)
--------test.maf(3KB)
--------test_b38_output.maf(31KB)
--------test_b37.vcf(2KB)
--------test_delly.vcf(13KB)
--------test_mutect.vcf(46KB)
--------test_output.custom_isoforms.maf(24KB)
--------vcf2vcf.t(965B)
--------test_b38_output.more.maf(31KB)
--------test_maf2vcf.vcf(5KB)
----maf2maf.pl(21KB)
----vcf2maf.pl(75KB)
----docs()
--------vep_maf_readme.txt(10KB)